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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zqo | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the earthworm R-type lectin C-half in complex with GalNAc | |||||||||
要素 | 29-kDa galactose-binding lectin | |||||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / EARTHWORM LUMBRICUS TERRESTRIS / HEMAGGLUTININ (ヘマグルチニン) / R-TYPE LECTIN / BETA-TREFOIL FOLD / SUGAR COMPLEX (砂糖) / Lectin (レクチン) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Lumbricus terrestris (無脊椎動物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Suzuki, R. / Kuno, A. / Hasegawa, T. / Hirabayashi, J. / Kasai, K. / Momma, M. / Fujimoto, Z. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009 タイトル: Sugar-complex structures of the C-half domain of the galactose-binding lectin EW29 from the earthworm Lumbricus terrestris 著者: Suzuki, R. / Kuno, A. / Hasegawa, T. / Hirabayashi, J. / Kasai, K. / Momma, M. / Fujimoto, Z. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray crystallographic studies of the C-terminal domain of galactose-binding lectin EW29 from the earthworm Lumbricus terrestris 著者: Suzuki, R. / Fujimoto, Z. / Kuno, A. / Hirabayashi, J. / Kasai, K. / Hasegawa, T. #2: ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2007 タイトル: Tailoring a novel sialic acid-binding lectin from a ricin-B chain-like galactose-binding protein by natural evolution-mimicry 著者: Yabe, R. / Suzuki, R. / Kuno, A. / Fujimoto, Z. / Jigami, Y. / Hirabayashi, J. #3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998 タイトル: Novel galactose-binding proteins in Annelida. Characterization of 29-kDa tandem repeat-type lectins from the earthworm Lumbricus terrestris 著者: Hirabayashi, J. / Dutta, S.K. / Kasai, K. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2zqo.cif.gz | 74.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2zqo.ent.gz | 55.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2zqo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/2zqo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/2zqo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 14617.369 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lumbricus terrestris (無脊椎動物) プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: O96048 #2: 糖 | ChemComp-NGA / |
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-非ポリマー , 4種, 320分子
#3: 化合物 | ChemComp-CD / | ||||
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#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-IMD / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.73 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: sodium chloride, dipotassium hydrogen phosphate, sodium dihydrogen phosphate, imidazole, cadmium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 23141 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 36.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.308 / Mean I/σ(I) obs: 8.6 / Num. unique all: 2213 / % possible all: 94 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1XYF 解像度: 1.8→48.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 2.766 / SU ML: 0.09 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.126 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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