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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zik | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Human Lysozyme from Pichia pastoris | ||||||
要素 | Lysozyme C | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / secreted protein from Pichia pastoris / Amyloid (アミロイド) / Antimicrobial / Bacteriolytic enzyme / Disease mutation / Glycosidase / Polymorphism | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 antimicrobial humoral response / 抗微生物ペプチド / 代謝 / specific granule lumen / azurophil granule lumen / tertiary granule lumen / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium ...antimicrobial humoral response / 抗微生物ペプチド / 代謝 / specific granule lumen / azurophil granule lumen / tertiary granule lumen / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 炎症 / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å | ||||||
データ登録者 | Tamada, T. / Kuroki, R. / Koshiba, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Preparation and characterization of methyonyl-lysine attached human lysozyme expressed in Escherichia coli and its effective conversion to the authentic-like protein 著者: Shoyama, Y. / Tamada, T. / Nitta, K. / Kumagai, I. / Kuroki, R. / Koshiba, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2zik.cif.gz | 41.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2zik.ent.gz | 28 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2zik.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/2zik ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/2zik | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14720.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LYZ, LZM / プラスミド: pPIC9/HLY / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: P61626, リゾチーム |
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.53 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 2.5M sodium chloride, 0.03M phosphate, pH6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年2月25日 / 詳細: double-mirror |
放射 | モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→41.89 Å / Num. all: 27423 / Num. obs: 11117 / % possible obs: 89.7 % / Rmerge(I) obs: 0.095 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1I1Z 解像度: 1.81→41.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 3.889 / SU ML: 0.114 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.698 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.81→41.89 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.809→1.856 Å / Total num. of bins used: 20
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