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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2z4z | ||||||
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タイトル | S. cerevisiae geranylgeranyl pyrophosphate synthase in complex with magnesium and BPH-sc01 | ||||||
要素 | Geranylgeranyl pyrophosphate synthetase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / prenyltransferase (プレニル基転移酵素) / geranylgeranyl pyrophosphate (ゲラニルゲラニル二リン酸) / bisphosphonate (ビスホスホネート) / TRANSFERASE (転移酵素) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Cholesterol biosynthesis / geranylgeranyl diphosphate biosynthetic process / geranylgeranyl diphosphate synthase / farnesyltranstransferase activity / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / geranyl diphosphate biosynthetic process / ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ / farnesyl diphosphate biosynthetic process / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / geranyltranstransferase activity ...Cholesterol biosynthesis / geranylgeranyl diphosphate biosynthetic process / geranylgeranyl diphosphate synthase / farnesyltranstransferase activity / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / geranyl diphosphate biosynthetic process / ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ / farnesyl diphosphate biosynthetic process / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / geranyltranstransferase activity / prenyltransferase activity / dimethylallyltranstransferase activity / terpenoid biosynthetic process / isoprenoid biosynthetic process / protein transport / ミトコンドリア / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, C.K.-M. / Guo, R.T. / Hudock, M. / Cao, R. / Oldfield, E. / Wang, A.H.-J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2008 タイトル: Inhibition of geranylgeranyl diphosphate synthase by bisphosphonates: a crystallographic and computational investigation 著者: Chen, C.K.-M. / Hudock, M.P. / Zhang, Y. / Guo, R.-T. / Cao, R. / No, J.H. / Liang, P.-H. / Ko, T.-P. / Chang, T.-H. / Chang, S.-C. / Song, Y. / Axelson, J. / Kumar, A. / Wang, A.H.-J. / Oldfield, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2z4z.cif.gz | 153 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2z4z.ent.gz | 119.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2z4z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/2z4z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/2z4z | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39299.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) プラスミド: pET32 Xa/LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q12051, ヘプタプレニル二リン酸シンターゼ, ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase, geranylgeranyl diphosphate synthase #2: 化合物 | ChemComp-MG / | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.89 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.08M CH3COONa, 16% PEG 4000, 6-10% glycerol, 6-10% 1,2-propanediol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL12B2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月23日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.09→30 Å / Num. all: 43329 / Num. obs: 42400 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 40.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.09→2.16 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.274 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / Num. unique all: 4090 / % possible all: 95.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2DH4 解像度: 2.09→30 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 42.33 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å / Luzzati sigma a obs: 0.21 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.09→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.09→2.16 Å
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