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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yx8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the extracellular domain of human RAMP1 | ||||||
要素 | Receptor activity-modifying protein 1 | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / TRANSMEMBRANE (膜貫通型タンパク質) / DISEASE (病気) / MIGRAINE (片頭痛) / TRAFFICKING / FOLDING / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / CLR / CRLR / CGRP (カルシトニン遺伝子関連ペプチド) / ENDOPLASMIC RETICULUM (小胞体) / BIBN4096BS / GLYCOSYLATION (グリコシル化) / ADRENOMEDULIN / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 calcitonin gene-related peptide binding / CGRP receptor complex / calcitonin gene-related peptide receptor signaling pathway / positive regulation of protein glycosylation / amylin receptor activity / calcitonin gene-related peptide receptor activity / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / coreceptor activity ...calcitonin gene-related peptide binding / CGRP receptor complex / calcitonin gene-related peptide receptor signaling pathway / positive regulation of protein glycosylation / amylin receptor activity / calcitonin gene-related peptide receptor activity / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / coreceptor activity / cellular response to hormone stimulus / protein localization to plasma membrane / intracellular protein transport / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / receptor internalization / calcium ion transport / protein transport / G alpha (s) signalling events / 血管新生 / receptor complex / G protein-coupled receptor signaling pathway / 細胞膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Kusano, S. / Kukimoto-Niino, M. / Shirouzu, M. / Shindo, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008 タイトル: Crystal structure of the human receptor activity-modifying protein 1 extracellular domain. 著者: Kusano, S. / Kukimoto-Niino, M. / Akasaka, R. / Toyama, M. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Shindo, T. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2yx8.cif.gz | 25.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2yx8.ent.gz | 19 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2yx8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/2yx8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/2yx8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10781.900 Da / 分子数: 1 / 断片: Extracellular Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAMP1 / プラスミド: PE060926-03 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60894 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.159447 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 0.1M tri-Sodium Citrate Dihydrate, 0.15M di-Ammonium Citrate, 25% PEG3350, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.9789, 0.9793, 0.9640 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月26日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 3371 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.15 % / Biso Wilson estimate: 30 Å2 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 21.26 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.59 / Rsym value: 0.33 / % possible all: 93.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→24.56 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Data cutoff high absF: 1048459.05 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.2507 Å2 / ksol: 0.461846 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→24.56 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.049 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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