PDB-2xmx: High resolution structure of Colicin M

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xmx

タイトル

High resolution structure of Colicin M

要素

COLICIN-M

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) /

PHOSPHATASE (ホスファターゼ) / TONB BOX /

ANTIBIOTIC (抗生物質) /

BACTERIOCIN (バクテリオシン)

機能・相同性

機能・相同性情報

killing of cells of another organism / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.67 Å

データ登録者

Zeth, K. / Patzer, S.I. / Albrecht, R. / Braun, V.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Activation of Colicin M by the Fkpa Prolyl Cis- Trans Isomerase/Chaperone.
著者: Helbig, S. / Patzer, S.I. / Schiene-Fischer, C. / Zeth, K. / Braun, V.

履歴

登録	2010年7月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年12月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xmx.cif.gz	231.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xmx.ent.gz	185.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xmx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/2xmx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/2xmx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xtqC 2xtrC 3da4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xtr-1 3da3-2 2xtr-2 2xtq-4 2xtq-7 2xtq-6 6abm-d 4cs3-d 3da4-1 5obe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: COLICIN-M

B: COLICIN-M

ヘテロ分子

59.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: COLICIN-M

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: COLICIN-M

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
29.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.757, 115.007, 227.714
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 2 - 269 / Label seq-ID: 2 - 269

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	COLICIN-M 分子量: 29512.514 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P05820
#2: 化合物	ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン / 炭酸塩分子量: 60.009 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO₃
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.96 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 20% PEG3350, 0.2M NANO3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.67→48 Å / Num. obs: 73413 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 8.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 1.67→1.71 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 83.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DA4

3da4

解像度: 1.67→46.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 3.488 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19504	5526	7 %	RANDOM
R_work	0.15683	-	-	-
obs	0.15955	73412	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 6.38 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.11 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.67→46.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4138	0	42	434	4614

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.027	0.022	4421
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.079	1.957	6046
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.769	5	592
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.535	24.53	181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.505	15	714
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.09	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.156	0.2	683
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.021	3359
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.706	1.5	2768
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.432	2	4500
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.272	3	1653
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.82	4.5	1519
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.311	3	4421
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2033 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	medium positional	0.28	0.5
2	B	medium positional	0.28	0.5
1	A	medium thermal	1.37	2
2	B	medium thermal	1.37	2

LS精密化シェル

解像度: 1.667→1.711 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.296	278	-
R_work	0.252	3689	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.587	0.1275	0.0438	1.0545	-0.9892	1.3799	-0.0342	0.1364	-0.0645	-0.1015	0.0423	0.1283	0.0757	-0.0672	-0.008	0.0754	0.0111	-0.0059	0.0502	-0.0073	0.1073	-5.333	-13.219	6.354
2	0.8005	-0.093	-0.0597	0.6555	0.0312	0.5424	0.0009	-0.0334	-0.0532	-0.0448	-0.0121	0.1141	0.0228	-0.0097	0.0112	0.058	0.0191	-0.0069	0.0435	0.0063	0.1103	-4.905	-16.521	14.659
3	1.4728	0.0256	0.5946	1.9398	-0.0747	1.4293	-0.0195	-0.0217	0.0821	-0.0367	-0.0779	0.12	-0.0838	-0.0564	0.0973	0.0664	0.0197	0.007	0.0558	0.0027	0.0999	5.93	-5.919	12.752
4	0.7719	-0.1317	-0.1746	1.0361	-0.4748	0.3243	-0.0248	0.0185	-0.0658	0.0436	-0.0054	-0.0078	0.015	0.04	0.0301	0.0653	0.0226	0.0076	0.0604	0.0075	0.0914	11.037	-21.029	16.456
5	3.0006	-2.6548	0.9634	5.7887	-2.6768	4.2231	-0.0099	-0.011	-0.0507	0.2189	0.2251	0.3546	-0.0506	-0.2875	-0.2152	0.0623	0.0441	0.0379	0.0638	0.0605	0.118	21.833	-45.922	33.274
6	0.6831	-0.573	0.3682	1.072	-0.574	0.7111	-0.0384	-0.0052	-0.1265	0.0594	-0.017	0.0202	0.0458	0.0475	0.0554	0.0895	0.0365	0.0192	0.0493	0.0246	0.1135	15.464	-31.546	20.423
7	0.8016	-0.7902	0.379	2.626	-2.5421	2.9961	-0.1605	-0.162	-0.22	0.226	0.1458	0.0719	-0.1075	-0.0177	0.0148	0.0973	0.0605	0.0389	0.0789	0.0556	0.1696	17.256	-28.606	25.934
8	0.4605	0.1657	-0.4206	0.6144	0.1747	1.9835	-0.006	0.06	0.0339	-0.0315	0.0543	-0.0616	-0.1098	0.2317	-0.0483	0.0862	0.0083	0.0084	0.0719	0.0036	0.0909	35.157	1.793	10.667
9	0.5752	-0.1494	0.3082	0.727	-0.033	0.5817	-0.0131	-0.0208	-0.0231	0.0182	0.0303	-0.0621	-0.0591	0.0872	-0.0173	0.0657	0.0121	0.0184	0.0794	-0.001	0.0831	35.362	-0.626	20.103
10	3.1339	-1.8223	-0.4088	2.6313	-0.0205	2.3711	0.0407	0.117	-0.1311	-0.0515	-0.0788	-0.087	0.1026	0.068	0.038	0.0738	0.0091	0.0139	0.068	0.0001	0.0944	24.353	-7.831	11.913
11	0.8674	0.0297	-0.202	0.4313	0.3126	0.9012	-0.0266	-0.0561	0.0548	0.0453	0.001	0.0454	-0.0323	-0.0143	0.0257	0.0731	0.0218	0.0147	0.0492	0.0045	0.08	19.232	1.866	24.106
12	3.0936	2.2663	-6.0545	3.8757	-6.799	15.4512	0.546	-0.5136	0.3489	1.02	-0.1762	-0.0294	-1.6066	0.7599	-0.3698	0.4059	-0.0359	0.034	0.2677	-0.0719	0.1655	7.889	10.908	52.859
13	0.8444	0.1432	-0.5754	0.4743	-0.1695	1.3643	0.0443	-0.1201	0.1612	0.0744	0.0239	0.0171	-0.0681	-0.0144	-0.0683	0.0896	0.0229	0.0206	0.0697	-0.0137	0.0806	14.882	7.821	33.374
14	1.3442	0.0203	-1.1642	0.5958	-1.1912	9.7177	0.0241	-0.3018	0.1191	0.1553	0.068	0.0575	-0.1401	0.1542	-0.092	0.1151	0.037	0.0287	0.1118	-0.0291	0.0961	12.936	2.048	36.188

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	31 - 104
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	105 - 121
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	122 - 158
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	159 - 173
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	174 - 253
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	254 - 271
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	2 - 29
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	30 - 104
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	105 - 121
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	122 - 158
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	159 - 174
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	175 - 253
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	254 - 271

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)