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万見
- PDB-2xb7: Structure of Human Anaplastic Lymphoma Kinase in complex with NVP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xb7
タイトルStructure of Human Anaplastic Lymphoma Kinase in complex with NVP- TAE684
要素ALK TYROSINE KINASE RECEPTOR
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / ATP-BINDING / RECEPTOR (受容体)
機能・相同性
機能・相同性情報


response to environmental enrichment / ASP-3026-resistant ALK mutants / NVP-TAE684-resistant ALK mutants / alectinib-resistant ALK mutants / brigatinib-resistant ALK mutants / ceritinib-resistant ALK mutants / crizotinib-resistant ALK mutants / lorlatinib-resistant ALK mutants / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity / regulation of dopamine receptor signaling pathway ...response to environmental enrichment / ASP-3026-resistant ALK mutants / NVP-TAE684-resistant ALK mutants / alectinib-resistant ALK mutants / brigatinib-resistant ALK mutants / ceritinib-resistant ALK mutants / crizotinib-resistant ALK mutants / lorlatinib-resistant ALK mutants / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity / regulation of dopamine receptor signaling pathway / ALK mutants bind TKIs / swimming behavior / positive regulation of dendrite development / regulation of neuron differentiation / adult behavior / Signaling by ALK / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / neuron development / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / negative regulation of lipid catabolic process / energy homeostasis / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / hippocampus development / 受容体型チロシンキナーゼ / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / heparin binding / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / regulation of cell population proliferation / protein tyrosine kinase activity / regulation of apoptotic process / protein autophosphorylation / receptor complex / リン酸化 / シグナル伝達 / protein-containing complex / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Glycine rich protein / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...Glycine rich protein / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GUI / ALK tyrosine kinase receptor
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bossi, R.T. / Saccardo, M.B. / Ardini, E. / Menichincheri, M. / Rusconi, L. / Magnaghi, P. / Orsini, P. / Fogliatto, G. / Bertrand, J.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Crystal Structures of Anaplastic Lymphoma Kinase in Complex with ATP Competitive Inhibitors.
著者: Bossi, R.T. / Saccardo, M.B. / Ardini, E. / Menichincheri, M. / Rusconi, L. / Magnaghi, P. / Orsini, P. / Avanzi, N. / Borgia, A.L. / Nesi, M. / Bandiera, T. / Fogliatto, G. / Bertrand, J.A.
履歴
登録2010年4月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALK TYROSINE KINASE RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9492
ポリマ－35,3351
非ポリマー6141
水1,18966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.781, 57.307, 105.157
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ALK TYROSINE KINASE RECEPTOR / ANAPLASTIC LYMPHOMA KINASE / CD246


分子量: 35334.617 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 1094-1407 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PVL-GST-ALK-KD
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9
参照: UniProt: Q9UM73, 受容体型チロシンキナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-GUI / 5-CHLORO-N-[2-METHOXY-4-[4-(4-METHYLPIPERAZIN-1-YL)PIPERIDIN-1-YL]PHENYL]-N'-(2-PROPAN-2-YLSULFONYLPHENYL)PYRIMIDINE-2,4-DIAMINE / 4-[1-(4-{[5-CHLORO-4-({2-[(1-METHYLETHYL)SULFONYL]PHENYL}AMINO)PYRIMIDIN-2-YL]AMINO}-3-METHOXYPHENYL)PIPERIDIN-4-YL]-1-METHYLPIPERAZIN-1-IUM / TAE-684


分子量: 614.202 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H40ClN7O3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5 / 詳細: 18% PEG3350, 0.1 M TRIS/HCL PH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→57.26 Å / Num. obs: 11104 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 40.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: INTERNAL STRUCTURE OF IGF-1R

解像度: 2.5→29.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 1138548.12 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 552 5 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.195 11079 97.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.3474 Å2 / ksol: 0.361769 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20 Å20 Å2
2---4.03 Å20 Å2
3---3.87 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.41 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2252 0 42 66 2360
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.421.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.432
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.112
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.132.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.039 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 73 4 %
Rwork0.267 1747 -
obs--99.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3GUI.PARGUI.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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