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- PDB-2vdi: Crystal structure of Chlamydomonas reinhardtii Rubisco with a lar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vdi
タイトルCrystal structure of Chlamydomonas reinhardtii Rubisco with a large- subunit C192S mutation
要素(RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE ...リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ) x 2
キーワードLYASE (リアーゼ) / VICINAL CYSTEINES / CO2/O2 SPECIFICITY / PHOTOSYNTHESIS (光合成) / TRANSIT PEPTIDE / PHOTORESPIRATION (光呼吸) / METAL-BINDING / HYDROXYLATION (ヒドロキシル化) / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / METHYLATION (メチル化) / CHLOROPLAST (葉緑体) / CALVIN CYCLE (カルビン回路) / MONOOXYGENASE / RUBISCO (リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ) / PLASTID (色素体) / MAGNESIUM (マグネシウム) / ACETYLATION (アセチル化) / CARBON DIOXIDE FIXATION
機能・相同性
機能・相同性情報


光呼吸 / リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / 葉緑体 / monooxygenase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I ...Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain / Alpha-Beta Plaits / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic 1 / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
類似検索 - 構成要素
生物種CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Garcia-Murria, M.-J. / Karkehabadi, S. / Marin-Navarro, J. / Satagopan, S. / Andersson, I. / Spreitzer, R.J. / Moreno, J.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2008
タイトル: Structural and Functional Consequences of the Replacement of Proximal Residues Cys-172 and Cys-192 in the Large Subunit of Ribulose 1,5-Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase from Chlamydomonas Reinhardtii
著者: Garcia-Murria, M.-J. / Karkehabadi, S. / Marin-Navarro, J. / Satagopan, S. / Andersson, I. / Spreitzer, R.J. / Moreno, J.
履歴
登録2007年10月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
B: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
C: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
D: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
E: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
F: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
G: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
H: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN
I: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1
J: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1
K: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1
L: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1
M: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1
N: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1
O: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1
P: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)557,42975
ポリマ－551,71716
非ポリマー5,71259
水27,7071538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area128190 Å2
ΔGint-472 kcal/mol
Surface area117940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.831, 178.206, 122.917
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.76, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
12B
22A
13C
23A
14D
24A
15E
25A
16F
26A
17G
27A
18H
28A
19I
110J
210I
111K
211I
112L
212I
113M
213I
114N
214I
115O
215I
116P
216I

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A13 - 438
1211A440 - 477
1121B13 - 438
2121A13 - 438
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1131C13 - 438
2131A13 - 438
1231C440 - 477
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1141D13 - 438
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1241D440 - 477
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2171A13 - 438
1271G440 - 477
2271A440 - 477
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1281H440 - 477
2281A440 - 477
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NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.5942, 0.7701, 0.232), (0.7703, -0.6279, 0.1114), (0.2314, 0.1125, -0.9663)-93.38, 144, 163.9
2given(0.09512, -0.7724, -0.628), (0.2905, 0.625, -0.7246), (0.9521, -0.1135, 0.2838)101.2, 99.89, 90.32
3given(-0.6832, 0.4876, 0.5436), (0.4877, -0.2494, 0.8367), (0.5435, 0.8367, -0.06742)-121.9, 43.97, 31.66
4given(-0.8143, -0.482, 0.3233), (-0.4812, 0.2493, -0.8404), (0.3245, -0.8399, -0.435)-23.35, 126.3, 201.1
5given(-0.7797, -0.2902, -0.5548), (-0.2878, -0.6207, 0.7293), (-0.556, 0.7283, 0.4005)36.44, 69.22, -21.33
6given(0.08924, 0.2906, 0.9527), (-0.773, 0.6234, -0.1177), (-0.6281, -0.7259, 0.2803)-124.6, 26.66, 110.8
7given(0.4974, -0.007779, -0.8675), (-0.007026, -1, 0.004939), (-0.8675, 0.003638, -0.4975)65.09, 169.2, 110.9
8given(0.5917, 0.7719, 0.2326), (0.7732, -0.625, 0.107), (0.228, 0.1165, -0.9667)-93.56, 144.4, 163.7
9given(0.09617, -0.7711, -0.6294), (0.2837, 0.6274, -0.7252), (0.9541, -0.1088, 0.2791)101.3, 99.82, 90.54
10given(-0.6803, 0.4917, 0.5435), (0.4931, -0.2417, 0.8358), (0.5423, 0.8366, -0.07801)-122.2, 43.5, 32.79
11given(-0.8116, -0.4824, 0.3296), (-0.486, 0.2443, -0.8391), (0.3243, -0.8412, -0.4327)-24.01, 126.5, 200.9
12given(-0.781, -0.2914, -0.5524), (-0.281, -0.6259, 0.7275), (-0.5578, 0.7234, 0.407)36.24, 69.77, -21.73
13given(0.0914, 0.287, 0.9536), (-0.7768, 0.6197, -0.1121), (-0.6231, -0.7304, 0.2796)-124.5, 26.24, 111.2
14given(0.496, -0.006674, -0.8683), (-0.006531, -1, 0.003955), (-0.8683, 0.00371, -0.496)65.11, 169.3, 110.7

-
要素

-
RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE ... , 2種, 16分子 ABCDEFGHIJKLMNOP

#1: タンパク質
RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN / RIBULOSE-1 / 5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN / RUBISCO LARGE SUBUNIT


分子量: 52680.777 Da / 分子数: 8 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス)
株: 18-7G / プラスミド: PLS-C192S / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: P00877, リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ
#2: タンパク質
RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1 / RUBISCO SMALL SUBUNIT 1 / RIBULOSE-1 / 5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN


分子量: 16283.806 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス)
株: 18-7G / プラスミド: PLS-C192S / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: P00873, リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ

-
糖 , 1種, 8分子

#4: 糖
ChemComp-CAP / 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / 2-カルボキシ-D-アラビニト-ル1,5-ビスりん酸


タイプ: saccharide炭水化物 / 分子量: 356.115 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O13P2

-
非ポリマー , 3種, 1589分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1538 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 192 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 192 TO SER ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 192 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 192 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, CYS 192 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, CYS 192 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, CYS 192 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, CYS 192 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN G, CYS 192 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN H, CYS 192 TO SER
配列の詳細THE SEQUENCE UNP P00877 HAS A VARIANT (PRO46LEU) WHICH OCCURS IN STRAIN 137C LARGE CHAIN RESIDUE 46 ...THE SEQUENCE UNP P00877 HAS A VARIANT (PRO46LEU) WHICH OCCURS IN STRAIN 137C LARGE CHAIN RESIDUE 46 DIFFERS FROM UNP P00877 AND IS IDENTIFIED AS PRO FROM THE ELECTRON DENSITY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.61 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.098
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.098 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→20 Å / Num. obs: 118474 / % possible obs: 88.7 % / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.65→2.72 Å / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 88.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GK8

1gk8


解像度: 2.65→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.84 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.828 / SU B: 9.774 / SU ML: 0.209 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.392 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 5907 5 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.206 112065 88.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.93 Å20 Å20.3 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3----0.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数38188 0 348 1538 40074
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02239431
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1141.95953411
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X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.66554828
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X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.645156308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.51715312
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.25674
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0230331
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.219371
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.226824
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1390.22243
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3140.2103
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
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X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
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X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4931.524603
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.807238631
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
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X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
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X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
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3C3630tight positional0.030.05
4D3630tight positional0.030.05
5E3629tight positional0.030.05
6F3630tight positional0.030.05
7G3630tight positional0.030.05
8H3630tight positional0.030.05
9I1121tight positional00.05
10J1121tight positional0.030.05
11K1121tight positional0.030.05
12L1121tight positional0.030.05
13M1121tight positional0.030.05
14N1120tight positional0.030.05
15O1121tight positional0.030.05
16P1121tight positional0.030.05
1A3630tight thermal00.5
2B3630tight thermal0.080.5
3C3630tight thermal0.070.5
4D3630tight thermal0.070.5
5E3629tight thermal0.080.5
6F3630tight thermal0.080.5
7G3630tight thermal0.080.5
8H3630tight thermal0.070.5
9I1121tight thermal00.5
10J1121tight thermal0.080.5
11K1121tight thermal0.080.5
12L1121tight thermal0.080.5
13M1121tight thermal0.090.5
14N1120tight thermal0.070.5
15O1121tight thermal0.080.5
16P1121tight thermal0.080.5
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.72 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.287 451
Rwork0.234 8248

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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