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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2va8 | ||||||
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タイトル | DNA Repair Helicase Hel308 | ||||||
要素 | SKI2-TYPE HELICASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / HEL308 / SSO2462 / HELICASE (ヘリカーゼ) / DNA REPAIR (DNA修復) / ATP-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Sec63 N-terminal domain-like fold - #30 / Sec63 N-terminal domain-like fold / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Johnson, K.A. / Richards, J. / Liu, H. / McMahon, S. / Oke, M. / Carter, L. / Naismith, J.H. / White, M.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008 タイトル: Structure of the DNA Repair Helicase Hel308 Reveals DNA Binding and Autoinhibitory Domains. 著者: Richards, J.D. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcrobbie, A.M. / Mcmahon, S. / Oke, M. / Carter, L. / Naismith, J.H. / White, M.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2va8.cif.gz | 279.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2va8.ent.gz | 225.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2va8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/2va8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/2va8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.44, -0.581, -0.685), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 81584.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / 株: PBL 2025 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE SEQUENCE FOR THE PROTEIN HAS BEEN DEPOSITED WITH THE EMBL DATABASE WITH ACCESSION NUMBER: ...THE SEQUENCE FOR THE PROTEIN HAS BEEN DEPOSITED WITH THE EMBL DATABASE WITH ACCESSION NUMBER: AM778123. AT THE TIME OF PROCESSING | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 15.3% PEG8000, 0.1M SODIUM CACODYLATE, PH6.5, 0.13M AMMONIUM SULFATE AND 0.03M MAGNESIUM CHLORIDE |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 79222 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 14.7 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.309 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: TRACED FROM MAD DATASET 解像度: 2.3→107.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 15.656 / SU ML: 0.187 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.304 / ESU R Free: 0.235 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.77 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→107.21 Å
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拘束条件 |
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