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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2v69 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Chlamydomonas reinhardtii Rubisco with a large- subunit mutation D473E | ||||||
要素 | (RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE ...リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ) x 2 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / LARGE SUBUNIT LOOP 6 MUTATION / CO2/O2 SPECIFICITY / CARBON DIOXIDE FIXATION / PHOTOSYNTHESIS (光合成) / TRANSIT PEPTIDE / PHOTORESPIRATION (光呼吸) / METAL-BINDING / HYDROXYLATION (ヒドロキシル化) / METHYLATION (メチル化) / CHLOROPLAST (葉緑体) / CALVIN CYCLE (カルビン回路) / MONOOXYGENASE / LYASE (リアーゼ) / RUBISCO (リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ) / PLASTID (色素体) / MAGNESIUM (マグネシウム) / ACETYLATION (アセチル化) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 光呼吸 / リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / 葉緑体 / monooxygenase activity / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Karkehabadi, S. / Satagopan, S. / Taylor, T.C. / Spreitzer, R.J. / Andersson, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007 タイトル: Structural Analysis of Altered Large-Subunit Loop-6-Carboxy-Terminus Interactions that Influence Catalytic Efficiency and Co2-O2 Specificity of Ribulose-1,5-Bisphosphate Carboxylase Oxygenase 著者: Karkehabadi, S. / Satagopan, S. / Taylor, T.C. / Spreitzer, R.J. / Andersson, I. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2v69.cif.gz | 922.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2v69.ent.gz | 769.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2v69.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/2v69 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/2v69 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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-要素
-RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE ... , 2種, 16分子 ABCDEFGHIJKLMNOP
#1: タンパク質 | 分子量: 52710.867 Da / 分子数: 8 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス) 株: 2137 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: P00877, リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ #2: タンパク質 | 分子量: 16283.806 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス) 株: 2137 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: P00873, リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ |
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-糖 , 1種, 8分子
#4: 糖 | ChemComp-CAP / |
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-非ポリマー , 3種, 427分子
#3: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 473 TO GLU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 473 TO GLU ...ENGINEERED |
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配列の詳細 | THE UNIPROT DATABASE ENTRY FOR THIS SEQUENCE (P00877) HAS A VARIANT (LEU46PRO) WHICH OCCURS IN ...THE UNIPROT DATABASE ENTRY FOR THIS SEQUENCE (P00877) HAS A VARIANT (LEU46PRO) WHICH OCCURS IN STRAIN 21GR AND 2137. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.28 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.0917 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0917 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 125065 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 11.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.63 / % possible all: 98.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1GK8 解像度: 2.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 15.453 / SU ML: 0.298 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.373 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. VERY WEAK DENSITIES WERE OBSERVED FOR SOME RESIDUE SIDE CHAINS. RESIDUES ARG84, MET87 ARG130, ASN136 AND LYS137 OF THE SMALL SUBUNIT WERE ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. VERY WEAK DENSITIES WERE OBSERVED FOR SOME RESIDUE SIDE CHAINS. RESIDUES ARG84, MET87 ARG130, ASN136 AND LYS137 OF THE SMALL SUBUNIT WERE THUS MODELED ON EXISTING HIGH RESOLUTION STRUCTURES AND HAVE HIGH B FACTORS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.6 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
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拘束条件 |
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