PDB-2v68: Crystal structure of Chlamydomonas reinhardtii Rubisco with large...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2v68

タイトル

Crystal structure of Chlamydomonas reinhardtii Rubisco with large- subunit mutations V331A, T342I

要素

(RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE ...

リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / LARGE SUBUNIT LOOP 6 MUTATION / CO2/O2 SPECIFICITY / CARBON DIOXIDE FIXATION /

PHOTOSYNTHESIS (光合成) / TRANSIT PEPTIDE /

PHOTORESPIRATION (光呼吸) / METAL-BINDING /

HYDROXYLATION (ヒドロキシル化) /

METHYLATION (メチル化) /

CHLOROPLAST (葉緑体) /

CALVIN CYCLE (カルビン回路) /

MONOOXYGENASE /

LYASE (リアーゼ) /

RUBISCO (リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ) /

PLASTID (色素体) /

MAGNESIUM (マグネシウム) /

ACETYLATION (アセチル化)

機能・相同性

機能・相同性情報

光呼吸 /

リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ /

ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle /

葉緑体 /

monooxygenase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Karkehabadi, S. / Satagopan, S. / Taylor, T.C. / Spreitzer, R.J. / Andersson, I.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Structural Analysis of Altered Large-Subunit Loop-6-Carboxy-Terminus Interactions that Influence Catalytic Efficiency and Co2 O2 Specificity of Ribulose-1,5-Bisphosphate Carboxylase Oxygenase
著者: Karkehabadi, S. / Satagopan, S. / Taylor, T.C. / Spreitzer, R.J. / Andersson, I.

履歴

登録	2007年7月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年1月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2v68.cif.gz	975.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2v68.ent.gz	809.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2v68.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/2v68 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/2v68	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2v63C 2v67C 2v69C 2v6aC 1gk8S 1ir2 1uw9 1uwa 1uzd 1uzh S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ir2-1 2vdh-d 1uwa-d 2vdi-d 1uw9-d 1uzd-d 2v63-d 1ir2-2 2v69-d 1rco-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#11 - 2000年11月ルビスコ (Rubisco) 類似性 (18)

登録構造単位

A: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN

B: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN

C: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN

D: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN

E: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN

F: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN

G: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN

H: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN

I: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1

J: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1

K: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1

L: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1

M: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1

N: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1

O: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1

P: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1

ヘテロ分子

558 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.421, 178.236, 122.758
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.72, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	PHE	PHE	ALA	ALA	A	A	13 - 438	13 - 438
1	2	1	GLU	GLU	CAP	CAP	A	A - R	440 - 477	440
1	1	2	PHE	PHE	ALA	ALA	B	B	13 - 438	13 - 438
2	1	2	PHE	PHE	ALA	ALA	A	A	13 - 438	13 - 438
1	2	2	GLU	GLU	CAP	CAP	B	B - Y	440 - 477	440
2	2	2	GLU	GLU	CAP	CAP	A	A - R	440 - 477	440
1	1	3	PHE	PHE	LEU	LEU	C	C	13 - 437	13 - 437
2	1	3	PHE	PHE	LEU	LEU	A	A	13 - 437	13 - 437
1	2	3	GLY	GLY	CAP	CAP	C	C - EA	442 - 477	442
2	2	3	GLY	GLY	CAP	CAP	A	A - R	442 - 477	442
1	1	4	PHE	PHE	ALA	ALA	D	D	13 - 438	13 - 438
2	1	4	PHE	PHE	ALA	ALA	A	A	13 - 438	13 - 438
1	2	4	GLU	GLU	CAP	CAP	D	D - LA	440 - 477	440
2	2	4	GLU	GLU	CAP	CAP	A	A - R	440 - 477	440
1	1	5	PHE	PHE	ALA	ALA	E	E	13 - 438	13 - 438
2	1	5	PHE	PHE	ALA	ALA	A	A	13 - 438	13 - 438
1	2	5	GLU	GLU	CAP	CAP	E	E - RA	440 - 477	440
2	2	5	GLU	GLU	CAP	CAP	A	A - R	440 - 477	440
1	1	6	PHE	PHE	ALA	ALA	F	F	13 - 438	13 - 438
2	1	6	PHE	PHE	ALA	ALA	A	A	13 - 438	13 - 438
1	2	6	GLU	GLU	CAP	CAP	F	F - XA	440 - 477	440
2	2	6	GLU	GLU	CAP	CAP	A	A - R	440 - 477	440
1	1	7	PHE	PHE	ALA	ALA	G	G	13 - 438	13 - 438
2	1	7	PHE	PHE	ALA	ALA	A	A	13 - 438	13 - 438
1	2	7	GLU	GLU	CAP	CAP	G	G - EB	440 - 477	440
2	2	7	GLU	GLU	CAP	CAP	A	A - R	440 - 477	440
1	1	8	PHE	PHE	ALA	ALA	H	H	13 - 438	13 - 438
2	1	8	PHE	PHE	ALA	ALA	A	A	13 - 438	13 - 438
1	2	8	GLU	GLU	CAP	CAP	H	H - JB	440 - 477	440
2	2	8	GLU	GLU	CAP	CAP	A	A - R	440 - 477	440
1	1	9	MME	MME	CYS	CYS	I	I	1 - 83	1 - 83
1	2	9	ASP	ASP	ALA	ALA	I	I	85 - 129	85 - 129
1	1	10	MME	MME	CYS	CYS	J	J	1 - 83	1 - 83
2	1	10	MME	MME	CYS	CYS	I	I	1 - 83	1 - 83
1	2	10	ASP	ASP	ALA	ALA	J	J	85 - 129	85 - 129
2	2	10	ASP	ASP	ALA	ALA	I	I	85 - 129	85 - 129
1	1	11	MME	MME	CYS	CYS	K	K	1 - 83	1 - 83
2	1	11	MME	MME	CYS	CYS	I	I	1 - 83	1 - 83
1	2	11	ASP	ASP	ALA	ALA	K	K	85 - 129	85 - 129
2	2	11	ASP	ASP	ALA	ALA	I	I	85 - 129	85 - 129
1	1	12	MME	MME	CYS	CYS	L	L	1 - 83	1 - 83
2	1	12	MME	MME	CYS	CYS	I	I	1 - 83	1 - 83
1	2	12	ASP	ASP	ALA	ALA	L	L	85 - 129	85 - 129
2	2	12	ASP	ASP	ALA	ALA	I	I	85 - 129	85 - 129
1	1	13	MME	MME	CYS	CYS	M	M	1 - 83	1 - 83
2	1	13	MME	MME	CYS	CYS	I	I	1 - 83	1 - 83
1	2	13	ASP	ASP	ALA	ALA	M	M	85 - 129	85 - 129
2	2	13	ASP	ASP	ALA	ALA	I	I	85 - 129	85 - 129
1	1	14	MME	MME	CYS	CYS	N	N	1 - 83	1 - 83
2	1	14	MME	MME	CYS	CYS	I	I	1 - 83	1 - 83
1	2	14	ASP	ASP	ALA	ALA	N	N	85 - 129	85 - 129
2	2	14	ASP	ASP	ALA	ALA	I	I	85 - 129	85 - 129
1	1	15	MME	MME	CYS	CYS	O	O	1 - 83	1 - 83
2	1	15	MME	MME	CYS	CYS	I	I	1 - 83	1 - 83
1	2	15	ASP	ASP	ALA	ALA	O	O	85 - 129	85 - 129
2	2	15	ASP	ASP	ALA	ALA	I	I	85 - 129	85 - 129
1	1	16	MME	MME	CYS	CYS	P	P	1 - 83	1 - 83
2	1	16	MME	MME	CYS	CYS	I	I	1 - 83	1 - 83
1	2	16	ASP	ASP	ALA	ALA	P	P	85 - 129	85 - 129
2	2	16	ASP	ASP	ALA	ALA	I	I	85 - 129	85 - 129

NCSアンサンブル:
NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.599, 0.7658, 0.2339), (0.7661, -0.6331, 0.111), (0.2331, 0.1127, -0.9659)	-93.34, 145, 163.7
3	given	(0.09255, -0.771, -0.6301), (0.2925, 0.626, -0.7229), (0.09518, -0.1174, 0.2834)	101.4, 99.72, 90.63
4	given	(-0.682, 0.488, 0.5447), (0.4875, -0.2518, 0.836), (0.5452, 0.8357, -0.06616)	-122.1, 44.69, 31.28
5	given	(-0.8183, -0.4768, 0.321), (-0.4771, 0.2521, -0.8419), (0.3205, -0.8421, -0.4338)	-23.45, 126.3, 201.2
6	given	(-0.7808, -0.2909, -0.5529), (-0.2873, -0.6188, 0.7311), (-0.5548, 0.7297, 0.3996)	36.42, 69.41, -21.71
7	given	(0.08892, 0.2933, 0.9519), (-0.7711, 0.6252, -0.1207), (-0.6305, -0.7232, 0.2818)	-124.8, 26.83, 110.6
8	given	(0.5, -0.01188, -0.8659), (-0.01142, -0.9999, 0.007126), (-0.8659, 0.006323, -0.5001)	65.28, 169.6, 110.8
9	given	(0.5966, 0.7669, 0.2365), (0.7682, -0.631, 0.108), (0.2321, 0.1173, -0.9656)	-93.66, 145.2, 163.3
10	given	(0.09544, -0.7703, -0.6305), (0.2872, 0.6278, -0.7235), (0.9531, -0.112, 0.2811)	101.4, 99.69, 90.5
11	given	(-0.6806, 0.4924, 0.5425), (0.4913, -0.2424, 0.8365), (0.5434, 0.8359, -0.0769)	-122.2, 43.92, 32.4
12	given	(-0.8157, -0.4778, 0.3262), (-0.4807, 0.2461, -0.8417), (0.3218, -0.8433, -0.4304)	-23.94, 126.8, 200.9
13	given	(-0.7808, -0.2916, -0.5526), (-0.2829, -0.6235, 0.7289), (-0.5571, 0.7254, 0.4043)	36.39, 69.98, -21.9
14	given	(0.08838, 0.2915, 0.9525), (-0.7739, 0.6222, -0.1186), (-0.6272, -0.7266, 0.2806)	-124.8, 26.83, 110.9
15	given	(0.4999, -0.01129, -0.866), (-0.01038, -0.9999, 0.007043), (-0.866, 0.00547, -0.4999)	65.25, 169.5, 110.8

-
RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE ... , 2種, 16分子 ABCDEFGHIJKLMNOP

#1: タンパク質	RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN / RUBISCO LARGE SUBUNIT / RIBULOSE-1 / 5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN 分子量: 52680.844 Da / 分子数: 8 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス) 株: 2137 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: P00877, リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ
#2: タンパク質	RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1 / RUBISCO SMALL SUBUNIT 1 / RIBULOSE-1 / 5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 分子量: 16283.806 Da / 分子数: 8 / Fragment: RESIDUES 46-185 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス) 株: 2137 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: P00873, リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ

#1: タンパク質

RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN / RUBISCO LARGE SUBUNIT / RIBULOSE-1 / 5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE LARGE CHAIN

分子量: 52680.844 Da / 分子数: 8 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス)
株: 2137 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: P00877,

リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ

#2: タンパク質

RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN 1 / RUBISCO SMALL SUBUNIT 1 / RIBULOSE-1 / 5-BISPHOSPHATE CARBOXYLASE SMALL CHAIN

分子量: 16283.806 Da / 分子数: 8 / Fragment: RESIDUES 46-185 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス)
株: 2137 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: P00873,

リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ

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糖 , 1種, 8分子

#4: 糖	ChemComp-CAP / 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / 2-カルボキシ-D-アラビニト-ル1,5-ビスりん酸タイプ: saccharide炭水化物 / 分子量: 356.115 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₁₃P₂

-
非ポリマー , 3種, 2333分子

#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 2276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 342 TO ILE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, THR 342 TO ILE ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 342 TO ILE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, THR 342 TO ILE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, THR 342 TO ILE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, THR 342 TO ILE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, THR 342 TO ILE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, THR 342 TO ILE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN G, THR 342 TO ILE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN H, THR 342 TO ILE
配列の詳細	THE UNIPROT DATABASE ENTRY FOR THIS SEQUENCE (P00877) HAS A VARIANT (LEU46PRO) WHICH OCCURS IN ...THE UNIPROT DATABASE ENTRY FOR THIS SEQUENCE (P00877) HAS A VARIANT (LEU46PRO) WHICH OCCURS IN STRAIN 21GR AND 2137. THE CHAINS I-P ARE ENCODED BY TWO GENES; RBCS 1, UNP P00873 AND RBCS 2, UNP P08475, THAT DIFFER IN POSITIONS 22, 47, 128, AND 132. JUDGING FROM THE ELECTRON DENSITY, THE TWO GENES ARE EXPRESSED AT APPROXIMATELY EQUAL LEVEL. SEQUENCE RBCS 1, UNP P00873 HAS BEEN USED IN THIS CASE.

構成要素の詳細

ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 342 TO ILE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, THR 342 TO ILE ...

配列の詳細

THE UNIPROT DATABASE ENTRY FOR THIS SEQUENCE (P00877) HAS A VARIANT (LEU46PRO) WHICH OCCURS IN ...

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.01 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.089
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.089 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 1285694 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 20.3 % / R_merge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 2.25→2.29 Å / R_merge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 88.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GK8

1gk8

解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 5.728 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.486 / ESU R Free: 0.22 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.203	10153	5 %	RANDOM
R_work	0.172	-	-	-
obs	0.174	191997	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.27 Å²	0 Å²	-0.03 Å²
2-	-	-0.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	38202	0	372	2276	40850

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	39580
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.23	1.959	53581
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.196	5	4834
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.745	23.183	1866
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.625	15	6359
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.232	15	320
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	5667
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	30468
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.19	0.2	20011
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	26819
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	3037
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.055	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.242	0.2	99
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.177	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.562	1.5	24753
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.901	2	38663
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.509	3	17043
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.424	4.5	14918
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	3642	tight positional	0	0.05
2	B	3637	tight positional	0.03	0.05
3	C	3624	tight positional	0.03	0.05
4	D	3642	tight positional	0.03	0.05
5	E	3641	tight positional	0.03	0.05
6	F	3638	tight positional	0.03	0.05
7	G	3640	tight positional	0.03	0.05
8	H	3642	tight positional	0.03	0.05
9	I	1039	tight positional	0	0.05
10	J	1039	tight positional	0.03	0.05
11	K	1037	tight positional	0.03	0.05
12	L	1039	tight positional	0.04	0.05
13	M	1039	tight positional	0.04	0.05
14	N	1037	tight positional	0.03	0.05
15	O	1037	tight positional	0.03	0.05
16	P	1039	tight positional	0.03	0.05
1	A	3642	tight thermal	0	0.5
2	B	3637	tight thermal	0.11	0.5
3	C	3624	tight thermal	0.12	0.5
4	D	3642	tight thermal	0.11	0.5
5	E	3641	tight thermal	0.12	0.5
6	F	3638	tight thermal	0.12	0.5
7	G	3640	tight thermal	0.12	0.5
8	H	3642	tight thermal	0.12	0.5
9	I	1039	tight thermal	0	0.5
10	J	1039	tight thermal	0.11	0.5
11	K	1037	tight thermal	0.1	0.5
12	L	1039	tight thermal	0.11	0.5
13	M	1039	tight thermal	0.13	0.5
14	N	1037	tight thermal	0.1	0.5
15	O	1037	tight thermal	0.11	0.5
16	P	1039	tight thermal	0.11	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.262	726	-
R_work	0.2	14110	-
obs	-	-	99.34 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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