+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2rft | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of influenza B virus hemagglutinin in complex with LSTa receptor analog | |||||||||
要素 | (Influenza B hemagglutinin ...) x 2 | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Influenza (インフルエンザ) / receptor specificity / Envelope protein (エンベロープ (ウイルス)) / Fusion protein (融合タンパク質) / Hemagglutinin (ヘマグルチニン) / Membrane (生体膜) / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Virion (ウイルス) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Lipoprotein (リポタンパク質) / Palmitate (パルミチン酸) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang, Q. / Tian, X. / Chen, X. / Ma, J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007 タイトル: Structural basis for receptor specificity of influenza B virus hemagglutinin. 著者: Wang, Q. / Tian, X. / Chen, X. / Ma, J. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2rft.cif.gz | 116 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2rft.ent.gz | 90.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2rft.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/2rft ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/2rft | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-Influenza B hemagglutinin ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 37161.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza B virus (STRAIN B/HONG KONG/8/73) (B型インフルエンザウイルス) 属: Influenzavirus BB型インフルエンザウイルス 生物種: Influenza B virusB型インフルエンザウイルス 株: B/HongKong/8/73 / 遺伝子: Hemagglutinin / 属 (発現宿主): Influenzavirus B 発現宿主: Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス) 参照: UniProt: Q84097, UniProt: P03462*PLUS |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 18948.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza B virus (STRAIN B/HONG KONG/8/73) (B型インフルエンザウイルス) 属: Influenzavirus BB型インフルエンザウイルス 生物種: Influenza B virusB型インフルエンザウイルス 株: B/HongKong/8/73 / 遺伝子: Hemagglutinin / 属 (発現宿主): Influenzavirus B 発現宿主: Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス) 参照: UniProt: Q84097, UniProt: P03462*PLUS |
-糖 , 3種, 8分子
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 多糖 | N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose | #5: 糖 | |
---|
-非ポリマー , 1種, 2分子
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.63 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM Pipes, 2.5 M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月22日 |
放射 | モノクロメーター: Bent Ge(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→13 Å / Num. all: 21280 / Num. obs: 19145 / % possible obs: 89.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 16.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.291 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 87.6 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Unliganded influenza B virus hemagglutinin 解像度: 2.8→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.881 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.856 / SU B: 20.296 / SU ML: 0.384 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.461 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.336 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.867 Å / Total num. of bins used: 20
|