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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2r9k | ||||||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Misteltoe Lectin I in Complex with Phloretamide | ||||||||||||
要素 | (Beta-galactoside-specific lectin ...) x 2 | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / ML-I / phloretamide / Viscum album (ヤドリギ) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Lectin (レクチン) / Plant defense / Protein synthesis inhibitor / Toxin (毒素) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RRNA-N-グリコシラーゼ / rRNA N-glycosylase activity / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / negative regulation of translation 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Viscum album (ヤドリギ) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Meyer, A. / Rypniewski, W. / Celewicz, L. / Erdmann, V.A. / Voelter, W. / Betzel, C. | ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2007 タイトル: The mistletoe lectin I--phloretamide structure reveals a new function of plant lectins. 著者: Meyer, A. / Rypniewski, W. / Celewicz, L. / Erdmann, V.A. / Voelter, W. / Singh, T.P. / Genov, N. / Barciszewski, J. / Betzel, C.h. | ||||||||||||
履歴 |
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Remark 999 | The authors stae that the plant proteins can differ in some codons depending on the season and on ...The authors stae that the plant proteins can differ in some codons depending on the season and on the host where the mistletoe has grown. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2r9k.cif.gz | 119.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2r9k.ent.gz | 91 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2r9k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/2r9k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/2r9k | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1m2tS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Dom-ID: 1 / Component-ID: 1 / Refine code: 1
NCSアンサンブル:
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-要素
-Beta-galactoside-specific lectin ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 27820.066 Da / 分子数: 1 断片: Beta-galactoside-specific lectin 1 chain A isoform 1, UNP residues 34-287 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Viscum album (ヤドリギ) / 参照: UniProt: P81446*PLUS |
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#2: タンパク質 | 分子量: 28568.939 Da / 分子数: 1 断片: Beta-galactoside-specific lectin 1 chain B, UNP residues 302-564 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Viscum album (ヤドリギ) / 参照: UniProt: P81446 |
-糖 , 2種, 5分子
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(4-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 |
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#4: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 5種, 82分子
#5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 化合物 | ChemComp-GOL / #7: 化合物 | ChemComp-CL / | #8: 化合物 | ChemComp-SGI / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.16 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 2.5 詳細: pH 2.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.81 |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.81 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→91.29 Å / Num. obs: 30327 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Rsym value: 0.473 / Net I/σ(I): 3.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Rsym value: 0.47 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1M2T 解像度: 2.7→19.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 9.263 / SU ML: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.363 / ESU R Free: 0.278 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.964 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.74 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms dev position: 0 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.696→2.765 Å / Total num. of bins used: 20
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