+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qu3 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | BACE1 with Compound 2 | ||||||
要素 | Beta-secretase 1Β-セクレターゼ1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Bace1 (Β-セクレターゼ1) / acylguanidine / inhibitor (酵素阻害剤) / Alternative splicing (選択的スプライシング) / Aspartyl protease (アスパラギン酸プロテアーゼ) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Membrane (生体膜) / Protease (プロテアーゼ) / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Zymogen (酵素前駆体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Β-セクレターゼ1 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition / amyloid-beta metabolic process ...Β-セクレターゼ1 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition / amyloid-beta metabolic process / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / cellular response to copper ion / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / エンドソーム / response to lead ion / ゴルジ体 / protein processing / recycling endosome / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / シナプス小胞 / late endosome / amyloid-beta binding / peptidase activity / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / リソソーム / aspartic-type endopeptidase activity / エンドソーム / endosome membrane / エンドソーム / 脂質ラフト / Amyloid fiber formation / 神経繊維 / 小胞体 / neuronal cell body / 樹状突起 / ゴルジ体 / enzyme binding / 細胞膜 / タンパク質分解 / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Chopra, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2007 タイトル: Thiophene substituted acylguanidines as BACE1 inhibitors. 著者: Fobare, W.F. / Solvibile, W.R. / Robichaud, A.J. / Malamas, M.S. / Manas, E. / Turner, J. / Hu, Y. / Wagner, E. / Chopra, R. / Cowling, R. / Jin, G. / Bard, J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2qu3.cif.gz | 85.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2qu3.ent.gz | 67.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2qu3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/2qu3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/2qu3 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46440.980 Da / 分子数: 1 / 断片: Extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, Β-セクレターゼ1 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-462 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.72 % |
---|---|
結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 100 mM NaAcetate pH 5.4, 6% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å |
---|---|
検出器 | タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→19.95 Å / Num. all: 24767 / Num. obs: 22290 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 11.5 Å2 |
-解析
ソフトウェア | 名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→19.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 3121120.38 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.0906 Å2 / ksol: 0.358365 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.8 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→19.95 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|