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万見
- PDB-2qa8: Crystal Structure of the Estrogen Receptor Alpha Ligand Binding D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qa8
タイトルCrystal Structure of the Estrogen Receptor Alpha Ligand Binding Domain Mutant 537S Complexed with Genistein
要素
  • (Estrogen receptorエストロゲン受容体) x 2
  • nuclear receptor coactivator 2核内受容体コアクチベーター2
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Protein-Ligand Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Recycling of bile acids and salts / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts / positive regulation of glucocorticoid receptor signaling pathway / Endogenous sterols / HATs acetylate histones / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Cytoprotection by HMOX1 ...Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Recycling of bile acids and salts / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts / positive regulation of glucocorticoid receptor signaling pathway / Endogenous sterols / HATs acetylate histones / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Cytoprotection by HMOX1 / nuclear glucocorticoid receptor binding / Estrogen-dependent gene expression / nuclear retinoic acid receptor binding / positive regulation of female receptivity / nuclear thyroid hormone receptor binding / regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / prostate epithelial cord elongation / epithelial cell development / locomotor rhythm / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / mammary gland branching involved in pregnancy / uterus development / vagina development / aryl hydrocarbon receptor binding / androgen metabolic process / TFIIB-class transcription factor binding / regulation of lipid metabolic process / steroid hormone mediated signaling pathway / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of glucose metabolic process / mammary gland alveolus development / intracellular estrogen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / positive regulation of phospholipase C activity / DNA polymerase binding / nuclear retinoid X receptor binding / intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / regulation of cellular response to insulin stimulus / cellular response to hormone stimulus / protein localization to chromatin / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / TBP-class protein binding / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / steroid binding / nitric-oxide synthase regulator activity / ESR-mediated signaling / 14-3-3 protein binding / transcription corepressor binding / nuclear receptor coactivator activity / negative regulation of miRNA transcription / response to progesterone / cellular response to estradiol stimulus / transcription coregulator binding / 細胞分化 / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / circadian regulation of gene expression / ユークロマチン / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / transcription coactivator binding / beta-catenin binding / Nuclear Receptor transcription pathway / 概日リズム / response to estrogen / RNA polymerase II transcription regulator complex / male gonad development / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / Regulation of RUNX2 expression and activity / nuclear receptor activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of fibroblast proliferation / Ovarian tumor domain proteases / sequence-specific double-stranded DNA binding / response to estradiol / PIP3 activates AKT signaling / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / ATPase binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / fibroblast proliferation / regulation of inflammatory response / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling
類似検索 - 分子機能
核内受容体コアクチベーター2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / エストロゲン受容体 / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / エストロゲン受容体 / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 ...核内受容体コアクチベーター2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / エストロゲン受容体 / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / エストロゲン受容体 / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Nuclear receptor coactivator, interlocking / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ゲニステイン / エストロゲン受容体 / 核内受容体コアクチベーター2 / 核内受容体コアクチベーター2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Nettles, K.W. / Bruning, J.B. / Nowak, J. / Sharma, S.K. / Hahm, J.B. / Shi, Y. / Kulp, K. / Hochberg, R.B. / Zhou, H. / Katzenellenbogen, J.A. ...Nettles, K.W. / Bruning, J.B. / Nowak, J. / Sharma, S.K. / Hahm, J.B. / Shi, Y. / Kulp, K. / Hochberg, R.B. / Zhou, H. / Katzenellenbogen, J.A. / Katzenellenbogen, B.S. / Kim, Y. / Joachmiak, A. / Greene, G.L.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2008
タイトル: NFkappaB selectivity of estrogen receptor ligands revealed by comparative crystallographic analyses
著者: Nettles, K.W. / Bruning, J.B. / Gil, G. / Nowak, J. / Sharma, S.K. / Hahm, J.B. / Kulp, K. / Hochberg, R.B. / Zhou, H. / Katzenellenbogen, J.A. / Katzenellenbogen, B.S. / Kim, Y. / Joachmiak, A. / Greene, G.L.
履歴
登録2007年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: database_2 / pdbx_entity_src_syn ...database_2 / pdbx_entity_src_syn / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
C: nuclear receptor coactivator 2
D: nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6266
ポリマ－62,0854
非ポリマー5402
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6540 Å2
ΔGint-29.8 kcal/mol
Surface area19380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.668, 77.957, 58.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.050, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERARGARGAA305 - 5489 - 252
21SERSERARGARGBB305 - 5489 - 252
12LYSLYSASPASPCC688 - 6963 - 11
22LYSLYSASPASPDD688 - 6963 - 11

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Estrogen receptor / エストロゲン受容体 / ER / Estradiol receptor / ER-alpha


分子量: 29462.727 Da / 分子数: 1 / 断片: Steroid-binding region, residues 298-554 / 変異: Y537S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta / 参照: UniProt: P03372
#2: タンパク質 Estrogen receptor / エストロゲン受容体 / ER / Estradiol receptor / ER-alpha


分子量: 29462.727 Da / 分子数: 1 / 断片: Steroid-binding region, residues 298-554 / 変異: Y537S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta / 参照: UniProt: P03372
#3: タンパク質・ペプチド nuclear receptor coactivator 2 / 核内受容体コアクチベーター2


分子量: 1579.866 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8BN74, UniProt: Q61026*PLUS
#4: 化合物 ChemComp-GEN / GENISTEIN / 5,7-DIHYDROXY-3-(4-HYDROXYPHENYL)-4H-1-BENZOPYRAN-4-ONE / 4',5,7-TRIHYDROXYISOFLAVONE / PRUNETOL / GENISTEOL / ゲニステイン[フラボノイド] / ゲニステイン


分子量: 270.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H10O5 / コメント: 阻害剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.79 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月8日 / 詳細: Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 38560 / Num. obs: 38560 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 26.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 20.78
反射 シェル解像度: 1.85→1.901 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 1.79 / Num. unique all: 2204 / Rsym value: 0.367 / % possible all: 76.29

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3ERD

3erd


解像度: 1.85→19.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 13.391 / SU ML: 0.178 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.167
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 1935 5 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.214 38516 96.85 %-
all-38516 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.196 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20 Å2-0.01 Å2
2---0.18 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→19.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3882 0 40 70 3992
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0214015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2781.9985417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8145477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.49824.176170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.89115775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.921523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2636
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022868
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2440.32026
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.52769
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2080.5263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2890.357
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1940.55
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6461.52494
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.97923891
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.36931752
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it11.1124.51526
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1779MEDIUM POSITIONAL0.490.5
1A1779MEDIUM THERMAL3.972
2C79MEDIUM POSITIONAL0.60.5
2C79MEDIUM THERMAL5.282
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.901 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.428 110 -
Rwork0.351 2094 -
obs-2204 76.29 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.61590.0874-0.26351.1009-0.00441.27430.0288-0.04130.13670.0246-0.0110.0484-0.06880.0514-0.0178-0.3160.00650.0005-0.3719-0.0076-0.34314.40580.222421.4517
21.5446-0.00270.84471.4622-0.11113.1584-0.0015-0.0867-0.0762-0.20290.03720.07960.0716-0.2565-0.0358-0.2874-0.0070.0214-0.3420.0149-0.299911.45790.7956-2.2301
324.1251-1.4566-5.730421.159112.415114.14140.0723-0.56852.3148-0.0983-0.09790.8773-0.6654-1.14540.0256-0.15650.02050.0372-0.15730.02120.1112-6.763416.894425.6223
423.6152-0.98122.23947.08883.0751.63630.36071.2229-1.7097-0.5115-0.18870.37281.26990.0372-0.1720.3217-0.1031-0.08150.1207-0.00050.19537.4735-16.5311-11.5388
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA305 - 5489 - 252
2X-RAY DIFFRACTION2BB305 - 5489 - 252
3X-RAY DIFFRACTION3CC687 - 6962 - 11
4X-RAY DIFFRACTION4DD688 - 6963 - 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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