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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ohb | ||||||
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タイトル | Myoglobin cavity mutant I107W | ||||||
要素 | Myoglobinミオグロビン | ||||||
キーワード | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / MYOGLOBIN (ミオグロビン) / LIGAND ENTRY AND EXIT PATHWAYS / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / 筋形質 / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / peroxidase activity / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Physeter catodon (マッコウクジラ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Phillips Jr., G.N. / Schweers, R.L. / Soman, J. / Olson, J.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Iubmb Life / 年: 2007 タイトル: Ligand pathways in myoglobin: A review of trp cavity mutations. 著者: Olson, J.S. / Soman, J. / Phillips, G.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ohb.cif.gz | 48 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ohb.ent.gz | 33 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ohb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/2ohb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/2ohb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17438.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ) 遺伝子: MB / プラスミド: pUC19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Phage-resistent TB1 / 参照: UniProt: P02185 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-HEM / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.45 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: PROTEIN SOLUTION (20 MG/ML PROTEIN, 0.020 M TRIS-HCL, pH 9.0), MIXED IN A 1:1 RATIO WITH THE WELL SOLUTION (2.8 M AMMONIUM SULPHATE, 0.050 M TRIS-HCL, pH 9.0), vapor diffusion, hanging drop, ...詳細: PROTEIN SOLUTION (20 MG/ML PROTEIN, 0.020 M TRIS-HCL, pH 9.0), MIXED IN A 1:1 RATIO WITH THE WELL SOLUTION (2.8 M AMMONIUM SULPHATE, 0.050 M TRIS-HCL, pH 9.0), vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年6月10日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→79.29 Å / Num. all: 18358 / Num. obs: 18360 / % possible obs: 88.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Limit h max: 43 / Limit h min: 0 / Limit k max: 43 / Limit k min: 0 / Limit l max: 25 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 154847.73 / Observed criterion F min: 0.32 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 1.231 / Net I/σ(I): 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→79.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 63.2324 Å2 / ksol: 0.370949 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 73.64 Å2 / Biso mean: 22.34 Å2 / Biso min: 7.23 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→79.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Xplor file |
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