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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2obr | ||||||
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タイトル | Crystal Structures of P Domain of Norovirus VA387 | ||||||
要素 | Capsid proteinカプシド | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Crystal Structures (結晶構造) / P Domain / Norovirus VA387 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit ...Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Βバレル / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Norovirus (ノロウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Cao, S. / Lou, Z. / Jiang, X. / Zhang, X.C. / Li, X. / Rao, Z. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Virol. / 年: 2007 タイトル: Structural basis for the recognition of blood group trisaccharides by norovirus. 著者: Cao, S. / Lou, Z. / Tan, M. / Chen, Y. / Liu, Y. / Zhang, Z. / Zhang, X.C. / Jiang, X. / Li, X. / Rao, Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2obr.cif.gz | 77.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2obr.ent.gz | 56 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2obr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/2obr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/2obr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35982.207 Da / 分子数: 1 / 断片: P Domain / 変異: T355S,F375L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norovirus (ノロウイルス) / 属: Norovirusノロウイルス / 株: VA387 / プラスミド: pgex-4t-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q913Z3 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.8 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2M MgAc, 8% PEG3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年7月16日 / 詳細: Osmic Mirror |
放射 | モノクロメーター: osmic mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 15535 / Num. obs: 14625 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.075 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.376 / Num. unique all: 1302 / % possible all: 95 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1ihm 解像度: 2.2→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
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拘束条件 |
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