[日本語] English
万見
- PDB-2m88: NMR structure of a two-domain RNA-binding fragment of Nrd1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m88
タイトルNMR structure of a two-domain RNA-binding fragment of Nrd1
要素Protein NRD1
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / Nrd1 complex / RNA processing and degradation / RRM structure
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription regulatory region RNA binding / antisense RNA transcript catabolic process / Nrd1 complex / sno(s)RNA 3'-end processing / termination of RNA polymerase II transcription, exosome-dependent / snRNA 3'-end processing / tRNA 3'-end processing / CUT catabolic process / : / nuclear mRNA surveillance ...transcription regulatory region RNA binding / antisense RNA transcript catabolic process / Nrd1 complex / sno(s)RNA 3'-end processing / termination of RNA polymerase II transcription, exosome-dependent / snRNA 3'-end processing / tRNA 3'-end processing / CUT catabolic process / : / nuclear mRNA surveillance / mRNA 3'-end processing / protein domain specific binding / mRNA binding / RNA binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
: / Nrd1/Seb1, domain 2 / Nrd1/Seb1, RNA recognition motif / CID domain / RPR / CID domain / CID domain profile. / ENTH/VHS / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA認識モチーフ ...: / Nrd1/Seb1, domain 2 / Nrd1/Seb1, RNA recognition motif / CID domain / RPR / CID domain / CID domain profile. / ENTH/VHS / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing, molecular dynamics, simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Bacikova, V. / Pasulka, J. / Kubicek, K. / Stefl, R.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Structure and semi-sequence-specific RNA binding of Nrd1.
著者: Bacikova, V. / Pasulka, J. / Kubicek, K. / Stefl, R.
履歴
登録2013年5月8日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月21日Group: Database references
改定 1.22014年7月9日Group: Database references
改定 1.32014年7月16日Group: Database references
改定 1.42023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein NRD1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8001
ポリマ－21,8001
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 80structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Protein NRD1


分子量: 21799.605 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 307-491 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NRD1, YNL251C, N0868 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53617

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: The structure was solved using ILV-protonated sample on a highly deuterated background
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCA
1313D HN(CO)CA
1413D HN(CA)CB
1513D HN(COCA)CB
2622D 1H-15N HSQC
2723D HNCO
2823D HCACO
3934D (H)CCH methyl NOESY
31033D (H)CC(CO)NH
31133D CCH TOCSY

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.4 mM [U-13C; U-15N] Nrd1, 50 mM sodium phosphate, 300 mM sodium chloride, 10 mM beta-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] Nrd1, 50 mM sodium phosphate, 300 mM sodium chloride, 10 mM beta-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.4 mM [U-13C; U-15N; U-2H] Nrd1, 50 mM sodium phosphate, 300 mM sodium chloride, 10 mM beta-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.4 mMNrd1-1[U-13C; U-15N]1
50 mMsodium phosphate-21
300 mMsodium chloride-31
10 mMbeta-mercaptoethanol-41
0.4 mMNrd1-5[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]2
50 mMsodium phosphate-62
300 mMsodium chloride-72
10 mMbeta-mercaptoethanol-82
0.4 mMNrd1-9[U-13C; U-15N; U-2H]3
50 mMsodium phosphate-103
300 mMsodium chloride-113
10 mMbeta-mercaptoethanol-123
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
18 ambient 293 K
28 ambient 293 K
38 ambient 293 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002
Bruker AvanceBrukerAVANCE9503
Bruker AvanceBrukerAVANCE9004

-
解析

NMR software
名称開発者分類
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardnmr spectra analysis
ProcheckLaskowski, MacArthur, Smith, Jones, Hutchinson, Morris, Moss and Thorntonquality validation
WHAT IFVriendquality validation
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichvisualization
TopSpinBruker Biospin解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing, molecular dynamics, simulated annealing
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る