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万見
- PDB-2jcb: The crystal structure of 5-formyl-tetrahydrofolate cycloligase fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jcb
タイトルThe crystal structure of 5-formyl-tetrahydrofolate cycloligase from Bacillus anthracis (BA4489)
要素5-FORMYLTETRAHYDROFOLATE CYCLO-LIGASE FAMILY PROTEIN
キーワードLIGASE (リガーゼ) / FOLATE METABOLISM
機能・相同性
機能・相同性情報


5-ホルミルテトラヒドロ葉酸シクロリガーゼ / 5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
NagB/RpiA/CoA transferase-like / 5-ホルミルテトラヒドロ葉酸シクロリガーゼ / 5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase family / 5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase-like domain superfamily / NagB/RpiA transferase-like / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / リン酸塩 / 5-ホルミルテトラヒドロ葉酸シクロリガーゼ / 5-ホルミルテトラヒドロ葉酸シクロリガーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS ANTHRACIS (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Meier, C. / Carter, L.G. / Winter, G. / Owens, R.J. / Stuart, D.I. / Esnouf, R.M. / Oxford Protein Production Facility (OPPF) / Structural Proteomics in Europe (SPINE)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: Structure of 5-Formyltetrahydrofolate Cyclo-Ligase from Bacillus Anthracis (Ba4489).
著者: Meier, C. / Carter, L.G. / Winter, G. / Owens, R.J. / Stuart, D.I. / Esnouf, R.M.
履歴
登録2006年12月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22015年5月6日Group: Source and taxonomy
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-FORMYLTETRAHYDROFOLATE CYCLO-LIGASE FAMILY PROTEIN
B: 5-FORMYLTETRAHYDROFOLATE CYCLO-LIGASE FAMILY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9378
ポリマ－46,8442
非ポリマー1,0936
水5,837324
1
A: 5-FORMYLTETRAHYDROFOLATE CYCLO-LIGASE FAMILY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9684
ポリマ－23,4221
非ポリマー5463
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 5-FORMYLTETRAHYDROFOLATE CYCLO-LIGASE FAMILY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9684
ポリマ－23,4221
非ポリマー5463
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.152, 45.499, 66.999
Angle α, β, γ (deg.)74.92, 78.01, 70.14
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUASNASNAA4 - 7912 - 87
21GLUGLUASNASNBB4 - 7912 - 87
12ARGARGLEULEUAA83 - 11091 - 118
22ARGARGLEULEUBB83 - 11091 - 118
13GLUGLUVALVALAA113 - 169121 - 177
23GLUGLUVALVALBB113 - 169121 - 177
14ASPASPVALVALAA173 - 187181 - 195
24ASPASPVALVALBB173 - 187181 - 195

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.67169, -0.74017, -0.03141), (-0.73997, 0.66825, 0.07673), (-0.0358, 0.07478, -0.99656)
ベクター: 46.944, 46.062, 33.117)

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要素

#1: タンパク質 5-FORMYLTETRAHYDROFOLATE CYCLO-LIGASE FAMILY PROTEIN / 5-FORMYL-TETRAHYDROFOLATE CYCLOLIGASE


分子量: 23421.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS ANTHRACIS (炭疽菌) / 株: AMES / プラスミド: GATEWAY / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS
参照: UniProt: Q81LX0, UniProt: A0A6L8PZ12*PLUS, 5-ホルミルテトラヒドロ葉酸シクロリガーゼ
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細M1V IS A CLONING ARTEFACT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化pH: 5.5
詳細: 3.8MM FOLINATE, 3.8MM ATP, 30MM MAGNESIUM CHLORIDE, 25% POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 100 MM BIS-TRIS (PH 5.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 49797 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 94.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YDM

1ydm


解像度: 1.6→18.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 5.254 / SU ML: 0.092 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 2491 5 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.192 47297 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20.01 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→18.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3168 0 66 324 3558
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0223299
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6281.9824462
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.895382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.8124.188160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.42315618
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8051522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2484
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022436
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.21491
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.22234
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.2254
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1780.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1550.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0921.51983
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.56923120
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.46731523
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.564.51342
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
704medium positional0.170.5
737loose positional0.545
704medium thermal2.5710
737loose thermal2.820
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.346 173
Rwork0.28 3468
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1426-0.00260.33442.7626-0.75043.1718-0.0378-0.1080.11190.2667-0.00140.066-0.1970.02090.0393-0.1816-0.0047-0.0239-0.2215-0.0435-0.156637.14231.85591.1883
22.8831-0.4751-2.04342.2442-0.297.65170.13970.24280.1695-0.2397-0.2152-0.126-0.3643-0.16830.0754-0.14510.0155-0.0043-0.10230.0181-0.132921.011519.724930.6753
331.862.782612.21188.6778-3.805810.12660.4947-1.2897-0.22811.1515-0.3310.306-0.7649-0.0755-0.16370.0872-0.1253-0.0509-0.1554-0.1371-0.168142.543112.686110.8301
48.96494.9809-11.96715.8201-8.512617.1126-0.93010.55280.2202-1.60771.09640.9435-1.1018-2.3021-0.16630.0130.1364-0.12080.28580.11290.04138.310623.547521.9061
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-3 - 189
2X-RAY DIFFRACTION2B-1 - 187
3X-RAY DIFFRACTION3A1190
4X-RAY DIFFRACTION4B1189

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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