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- PDB-2hmh: Crystal structure of SOCS3 in complex with gp130(pTyr757) phospho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hmh
タイトルCrystal structure of SOCS3 in complex with gp130(pTyr757) phosphopeptide.
要素
  • Interleukin-6 receptor beta chain
  • Suppressor of cytokine signaling 3
キーワードCytokine Regulator / Socs3 / gp130 / pTyr / peptide complex (ペプチド)
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of IFNG signaling / PTK6 Activates STAT3 / oncostatin-M receptor activity / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / leukemia inhibitory factor receptor activity / MAPK3 (ERK1) activation / MAPK1 (ERK2) activation / Interferon gamma signaling / Interleukin-27 signaling / interleukin-6 receptor activity ...Regulation of IFNG signaling / PTK6 Activates STAT3 / oncostatin-M receptor activity / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / leukemia inhibitory factor receptor activity / MAPK3 (ERK1) activation / MAPK1 (ERK2) activation / Interferon gamma signaling / Interleukin-27 signaling / interleukin-6 receptor activity / triglyceride mobilization / interleukin-6 binding / Interleukin-6 signaling / Interleukin-35 Signalling / oncostatin-M receptor complex / Interferon alpha/beta signaling / oncostatin-M-mediated signaling pathway / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / ciliary neurotrophic factor receptor activity / ciliary neurotrophic factor receptor binding / negative regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / leukemia inhibitory factor signaling pathway / ciliary neurotrophic factor receptor complex / interleukin-27-mediated signaling pathway / ciliary neurotrophic factor-mediated signaling pathway / interleukin-6 receptor complex / interleukin-6 receptor binding / regulation of Notch signaling pathway / interleukin-11-mediated signaling pathway / cellular response to interleukin-17 / negative regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / placenta blood vessel development / positive regulation of astrocyte differentiation / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / protein tyrosine kinase inhibitor activity / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / intestinal epithelial cell development / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / phosphatidylinositol 3-kinase complex / miRNA binding / cytokine receptor activity / neuronal cell body membrane / glycogen metabolic process / interleukin-6-mediated signaling pathway / cytokine binding / positive regulation of Notch signaling pathway / protein tyrosine kinase activator activity / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / positive regulation of smooth muscle cell migration / growth factor binding / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / positive regulation of osteoblast differentiation / coreceptor activity / negative regulation of signal transduction / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of T cell proliferation / cellular response to leukemia inhibitory factor / phosphotyrosine residue binding / response to cytokine / positive regulation of cell differentiation / regulation of protein phosphorylation / cytoplasmic side of plasma membrane / negative regulation of inflammatory response / cytokine-mediated signaling pathway / cell body / scaffold protein binding / negative regulation of neuron apoptotic process / 細胞分化 / protein ubiquitination / receptor complex / intracellular signal transduction / 脂質ラフト / external side of plasma membrane / 樹状突起 / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / シグナル伝達 / extracellular space / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Suppressor of cytokine signalling 3 / SOCS3, SH2 domain / suppressors of cytokine signalling / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding ...Suppressor of cytokine signalling 3 / SOCS3, SH2 domain / suppressors of cytokine signalling / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / 免疫グロブリンスーパーファミリー / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / SH2ドメイン / SHC Adaptor Protein / フィブロネクチンIII型ドメイン / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / SH2 domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Suppressor of cytokine signaling 3 / Interleukin-6 receptor subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bergamin, E. / Wu, J. / Hubbard, S.R.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Structural basis for phosphotyrosine recognition by suppressor of cytokine signaling-3.
著者: Bergamin, E. / Wu, J. / Hubbard, S.R.
履歴
登録2006年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年8月16日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Suppressor of cytokine signaling 3
B: Interleukin-6 receptor beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3322
ポリマ－18,3322
非ポリマー00
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area7540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.918, 94.708, 69.922
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Suppressor of cytokine signaling 3 / SOCS-3 / Cytokine-inducible SH2 protein 3 / CIS-3 / Protein EF-10


分子量: 17043.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Socs3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O35718
#2: タンパク質・ペプチド Interleukin-6 receptor beta chain / IL-6R-beta / Interleukin 6 signal transducer / Membrane glycoprotein 130 / gp130 / CD130 antigen


分子量: 1289.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in mice. / 参照: UniProt: Q00560
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.49 %
結晶化温度: 297 K / pH: 6.5
詳細: 30% PEG8000, 0.1 M Sodium Cacodylate, 0.2 M Sodium Acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K, pH 6.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1.00551
検出器日付: 2006年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00551 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 9956 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.323 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry: 2SHP

2shp


解像度: 2→47.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 5.401 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.232 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 470 4.7 %RANDOM
Rwork0.242 ---
obs0.244 9442 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.78 Å20 Å20 Å2
2---0.41 Å20 Å2
3----0.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→47.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1051 0 0 58 1109
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221074
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3841.9771457
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9995128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.63623.19147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.51715172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.421157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2163
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02803
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.2447
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.2713
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.265
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.180.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.220.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9281.5677
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.61921067
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.833452
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7694.5390
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 37 -
Rwork0.272 678 -
obs--99.31 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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