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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hio | ||||||
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タイトル | HISTONE OCTAMER (CHICKEN), CHROMOSOMAL PROTEIN | ||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / HISTONE (ヒストン) / CHROMOSOMAL PROTEIN (染色体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 PKMTs methylate histone lysines / HDMs demethylate histones / RMTs methylate histone arginines / SUMOylation of chromatin organization proteins / Condensation of Prophase Chromosomes / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / G2/M DNA damage checkpoint / Metalloprotease DUBs / Processing of DNA double-strand break ends / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks ...PKMTs methylate histone lysines / HDMs demethylate histones / RMTs methylate histone arginines / SUMOylation of chromatin organization proteins / Condensation of Prophase Chromosomes / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / G2/M DNA damage checkpoint / Metalloprotease DUBs / Processing of DNA double-strand break ends / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Interleukin-7 signaling / Chromatin modifying enzymes / HATs acetylate histones / Ub-specific processing proteases / PRC2 methylates histones and DNA / Oxidative Stress Induced Senescence / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Transcriptional regulation by small RNAs / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / RNA Polymerase I Promoter Opening / RNA Polymerase I Promoter Escape / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Estrogen-dependent gene expression / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / nucleosome assembly / structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / protein heterodimerization activity / protein-containing complex binding / DNA binding / 核質 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Arents, G. / Moudrianakis, E.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1991 タイトル: The nucleosomal core histone octamer at 3.1 A resolution: a tripartite protein assembly and a left-handed superhelix. 著者: Arents, G. / Burlingame, R.W. / Wang, B.C. / Love, W.E. / Moudrianakis, E.N. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990 タイトル: Spectropolarimetric Analysis of the Core Histone Octamer and its Subunits 著者: Godfrey, J.E. / Baxevanis, A.D. / Moudrianakis, E.N. #2: ジャーナル: Science / 年: 1985 タイトル: Crystallographic Structure of the Octameric Histone Core of the Nucleosome at a Resolution of 3.3 A 著者: Burlingame, R.W. / Love, W.E. / Wang, B.C. / Hamlin, R. / Xuong, N.H. / Moudrianakis, E.N. #3: ジャーナル: Science / 年: 1984 タイトル: Crystals of the Octameric Histone Core of the Nucleosome 著者: Burlingame, R.W. / Love, W.E. / Moudrianakis, E.N. #4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1980 タイトル: Reversible Association of Calf Thymus Histones to Form the Symmetrical Octamer (H2Ah2Bh3H4)2: A Case of a Mixed-Associating System 著者: Godfrey, J.E. / Eickbush, T.H. / Moudrianakis, E.N. #5: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1978 タイトル: The Histone Core Complex: An Octamer Assembled by Two Sets of Protein-Protein Interactions 著者: Eickbush, T.H. / Moudrianakis, E.N. #6: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1978 タイトル: The Compaction of DNA Helices Into Either Continuous Supercoils or Folded-Fiber Rods and Toroids 著者: Eickbush, T.H. / Moudrianakis, E.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2hio.cif.gz | 81.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2hio.ent.gz | 62.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2hio.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/2hio ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/2hio | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13838.167 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P02263 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 13822.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P02279, UniProt: P0C1H5*PLUS |
#3: タンパク質 | 分子量: 15421.101 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P84229 |
#4: タンパク質 | 分子量: 11466.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P62801 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 % 解説: THE ENTRY WAS WITHOUT COMPLETE EXPERIMENTAL DETAILS. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: pH 6.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: microdialysis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | 日付: 1991年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→20 Å / Num. obs: 13542 / % possible obs: 80 % / 冗長度: 1 % |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROFFT / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→10 Å / σ(F): 2 詳細: CHICKEN ERYTHROCYTE CORE HISTONE OCTAMER AT 3.1 A RESOLUTIO (ARENTS ET AL., 1991). IN THE SET LISTED BELOW B VALUES HA BEEN ARBITRARILY SET AND DO NOT REPRESENT THE CURRENT STATE REFINEMENT. ...詳細: CHICKEN ERYTHROCYTE CORE HISTONE OCTAMER AT 3.1 A RESOLUTIO (ARENTS ET AL., 1991). IN THE SET LISTED BELOW B VALUES HA BEEN ARBITRARILY SET AND DO NOT REPRESENT THE CURRENT STATE REFINEMENT. CHAIN IDENTIFIERS H2A(1) = A H2B(1) = B H3(1) = C H4(1) = D
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→10 Å
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