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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hg4 | ||||||
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タイトル | Structure of the ketosynthase-acyltransferase didomain of module 5 from DEBS. | ||||||
要素 | 6-Deoxyerythronolide B Synthase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / ketosynthase / acyltransferase (アシルトランスフェラーゼ) / module 5 (モジュール) / DEBS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 6-deoxyerythronolide-B synthase / erythronolide synthase activity / macrolide biosynthetic process / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharopolyspora erythraea (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.73 Å | ||||||
データ登録者 | Tang, Y. / Kim, C.Y. / Mathews, I.I. / Cane, D.E. / Khosla, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006 タイトル: The 2.7-A crystal structure of a 194-kDa homodimeric fragment of the 6-deoxyerythronolide B synthase. 著者: Tang, Y. / Kim, C.Y. / Mathews, I.I. / Cane, D.E. / Khosla, C. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004 タイトル: Reconstituting modular activity from separated domains of 6-deoxyerythronolide B synthase. 著者: Kim, C.Y. / Alekseyev, V.Y. / Chen, A.Y. / Tang, Y. / Cane, D.E. / Khosla, C. #2: ジャーナル: Science / 年: 1998 タイトル: Harnessing the biosynthetic code: combinations, permutations, and mutations. 著者: Cane, D.E. / Walsh, C.T. / Khosla, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2hg4.cif.gz | 945.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2hg4.ent.gz | 800.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2hg4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/2hg4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/2hg4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Refine code: 4
NCSアンサンブル:
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詳細 | Dimer. Molecules A and B, C and D, E and F form biological dimers. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 97980.922 Da / 分子数: 6 断片: ketosynthase-acyltransferase didomain of didomain module 5 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharopolyspora erythraea (バクテリア) 遺伝子: eryA / プラスミド: pAYC10 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 参照: UniProt: Q5UNP4, UniProt: Q03133*PLUS, 6-deoxyerythronolide-B synthase #2: 化合物 | ChemComp-ACT / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.55 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% PEG4000, 0.2M Lithium Sulfate, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9392, 0.9793, 0.9789 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月13日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Single Crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.73→48.17 Å / Num. all: 206652 / Num. obs: 206652 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 57.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 8.3 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.73→2.88 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 30114 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.73→48.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 34.897 / SU ML: 0.299 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.607 / ESU R Free: 0.318 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 66.11 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.73→48.03 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.73→2.801 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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