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- PDB-2f5g: Crystal structure of IS200 transposase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f5g
タイトルCrystal structure of IS200 transposase
要素Transposase, putative
キーワードGENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / Dimer / Stem-loop binding (ステムループ)
機能・相同性
機能・相同性情報


transposase activity / DNA transposition / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transposase IS200 like / Transposase IS200-like / Transposase IS200-like / Transposase IS200-like superfamily / Transposase IS200 like / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transposase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Lee, H.H. / Yoon, J.Y. / Kim, H.S. / Kang, J.Y. / Kim, K.H. / Kim, D.J. / Suh, S.W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of a Metal Ion-bound IS200 Transposase
著者: Lee, H.H. / Yoon, J.Y. / Kim, H.S. / Kang, J.Y. / Kim, K.H. / Kim, D.J. / Ha, J.Y. / Mikami, B. / Yoon, H.J. / Suh, S.W.
履歴
登録2005年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transposase, putative
B: Transposase, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4362
ポリマ－31,4362
非ポリマー00
水5,549308
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area12840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.543, 68.149, 65.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 129.24, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Transposase, putative / / IS200 transposase


分子量: 15718.204 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / プラスミド: pET-21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q97Y68
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.2 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5
詳細: 1.4M tri-sodium citrate, 100mM sodium HEPES (pH 7.5), EVAPORATION, temperature 297K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL38B110.8
シンクロトロンPAL/PLS 4A20.97960, 0.97972, 0.97192
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 41CCD2005年7月15日mirrors
ADSC QUANTUM 2102CCD2005年4月6日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.81
20.97961
30.979721
40.971921
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 34831 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 15 Å2
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→26.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 543905.78 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 3457 10.1 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.213 34208 97.5 %-
all-34831 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.2116 Å2 / ksol: 0.382152 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 21.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.5 Å20 Å22.04 Å2
2---3.15 Å20 Å2
3----2.35 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.15 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→26.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2162 0 0 308 2470
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.14
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 565 10.2 %
Rwork0.238 4980 -
obs--95.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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