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万見
- PDB-2er8: Crystal Structure of Leu3 DNA-binding domain complexed with a 12m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2er8
タイトルCrystal Structure of Leu3 DNA-binding domain complexed with a 12mer DNA duplex
要素
  • 5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*G)-3'
  • Regulatory protein LEU3
キーワードTRANSCRIPTION ACTIVATOR/DNA / Zn(2)Cys(6) Binuclear Cluster Motif / TRANSCRIPTION ACTIVATOR-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of L-leucine biosynthetic process / L-leucine biosynthetic process / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II ...positive regulation of L-leucine biosynthetic process / L-leucine biosynthetic process / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / CD2-Gal4 / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain signature. / Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain superfamily / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain profile. / GAL4-like Zn(II)2Cys6 (or C6 zinc) binuclear cluster DNA-binding domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / Few Secondary Structures / イレギュラー
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Regulatory protein LEU3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Fitzgerald, M.X. / Marmorstein, R.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Structure of a Leu3-DNA complex: recognition of everted CGG half-sites by a Zn2Cys6 binuclear cluster protein.
著者: Fitzgerald, M.X. / Rojas, J.R. / Kim, J.M. / Kohlhaw, G.B. / Marmorstein, R.
履歴
登録2005年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 8 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 8 CHAIN(S). THE 4 BIOLOGICAL MOLECULES CAN BE GENARATED THE FOLLOWING WAY: 1 - CHAIN A, E (RESIDUES 7-12) AND F(RESIDUES 13-18) AND APPYING SYMMETRY 1-X+Y,Y,-Z TO CHAINS C, G (RESIDUES7-12) AND H (RESIDUES 13-18). 2 - CHAIN B, E (RESIDUES 1-16) AND F (RESIDUES 19-24) AND APPYING SYMMETRY 1-Y,1-X,1/3-Z TO CHAINS D, G (RESIDUES 1-6) AND H (RESIDUES 19-24). 3 - CHAIN C, G (RESIDUES 7-12) AND H (RESIDUES 13-18) AND APPYING SYMMETRY 1-X+Y,Y,-Z TO CHAINS A, E (RESIDUES 7-12) AND F (RESIDUES 13-18). 4 - CHAIN D, G (RESIDUES 1-16) AND H (RESIDUES 19-24) AND APPYING SYMMETRY 1-Y,1-X,1/3-Z TO CHAINS B, E (RESIDUES 1-6) AND F (RESIDUES 19-24).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: 5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*G)-3'
F: 5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*G)-3'
G: 5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*G)-3'
H: 5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*G)-3'
A: Regulatory protein LEU3
B: Regulatory protein LEU3
C: Regulatory protein LEU3
D: Regulatory protein LEU3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,56516
ポリマ－49,0428
非ポリマー5238
水59433
1
E: 5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*G)-3'
F: 5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*G)-3'
A: Regulatory protein LEU3
B: Regulatory protein LEU3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7838
ポリマ－24,5214
非ポリマー2624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: 5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*G)-3'
H: 5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*G)-3'
C: Regulatory protein LEU3
D: Regulatory protein LEU3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7838
ポリマ－24,5214
非ポリマー2624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.500, 107.500, 218.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
詳細One homodimer bound to DNA is the biologic unit. However, in this case one protein homodimer straddles the ends of two DNA duplexes.

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要素

#1: DNA鎖
5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*GP*G)-3'


分子量: 3664.380 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質
Regulatory protein LEU3


分子量: 8596.052 Da / 分子数: 4 / Fragment: residues 32-103 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: LEU3 (32-103) / プラスミド: pT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P08638
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM Hepes, 22% MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Hepes11
2MPD11
3H2O11
4Hepes12
5MPD12
6H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 94 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.2830, 1.2833, 1.2587
検出器検出器: CCD / 日付: 2002年8月10日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.2831
21.28331
31.25871
反射解像度: 2.85→45 Å / Num. obs: 33071 / % possible obs: 99.9 % / Biso Wilson estimate: 52.9 Å2 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 40.9
反射 シェル最高解像度: 2.85 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Rsym value: 0.374 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.85→45.53 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 471523.93 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 3116 9.8 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs0.237 31825 96.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.1012 Å2 / ksol: 0.271521 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 68.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.21 Å20.75 Å20 Å2
2--12.21 Å20 Å2
3----24.41 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.45 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.63 Å0.62 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→45.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2019 972 8 33 3032
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.27
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.791.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it6.462
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.352
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it8.782.5
LS精密化 シェル解像度: 2.85→3.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 467 9.6 %
Rwork0.401 4389 -
obs--88.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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