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- PDB-2epl: N-acetyl-B-D-glucosaminidase (GCNA) from Streptococcus gordonii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2epl
タイトルN-acetyl-B-D-glucosaminidase (GCNA) from Streptococcus gordonii
要素N-acetyl-beta-D-glucosaminidase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / glycoside hydrolase (グリコシダーゼ) / family 20 / gcna / glucosaminidase
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-N-acetylhexosaminidase / beta-N-acetylhexosaminidase activity / N-acetyl-beta-D-galactosaminidase activity / 代謝
類似検索 - 分子機能
N-acetyl-beta-d-glucosaminidase / Hexosaminidase D-like / Glycoside Hydrolase 20C, C-terminal / N-acetyl-beta-D-glucosaminidase, N-terminal / Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain / N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain / N-acetyl-b-d-glucoasminidase / Double Stranded RNA Binding Domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / グリコシダーゼ ...N-acetyl-beta-d-glucosaminidase / Hexosaminidase D-like / Glycoside Hydrolase 20C, C-terminal / N-acetyl-beta-D-glucosaminidase, N-terminal / Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain / N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain / N-acetyl-b-d-glucoasminidase / Double Stranded RNA Binding Domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / グリコシダーゼ / Glycoside hydrolase superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyl-beta-D-glucosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus gordonii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Langley, D.B. / Harty, D.W.S. / Guss, J.M. / Collyer, C.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structure of N-acetyl-beta-D-glucosaminidase (GcnA) from the Endocarditis Pathogen Streptococcus gordonii and its Complex with the Mechanism-based Inhibitor NAG-thiazoline
著者: Langley, D.B. / Harty, D.W.S. / Jacques, N.A. / Hunter, N. / Guss, J.M. / Collyer, C.A.
履歴
登録2007年3月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: N-acetyl-beta-D-glucosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,19210
ポリマ－72,3321
非ポリマー8619
水8,341463
1
X: N-acetyl-beta-D-glucosaminidase
ヘテロ分子

X: N-acetyl-beta-D-glucosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,38420
ポリマ－144,6632
非ポリマー1,72118
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area9870 Å2
ΔGint-204 kcal/mol
Surface area43760 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)123.561, 124.535, 147.793
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 N-acetyl-beta-D-glucosaminidase / glycoside hydrolase


分子量: 72331.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus gordonii (バクテリア)
株: FSS2 / 遺伝子: gcna / プラスミド: pHAR101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6ST21, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 463 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1
詳細: 100mM Tris, 2M ammonium sulphate, 2 %(v/v) PEG400, pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97928 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月21日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97928 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→29.4 Å / Num. all: 222135 / Num. obs: 221868 / % possible obs: 99.88 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 18.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 1.4→1.44 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.53 / % possible all: 99.39

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: accompanying SeMet structure

解像度: 1.4→29.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 0.881 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.046 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19905 11088 5 %RANDOM
Rwork0.18635 ---
all0.18699 221868 --
obs0.18699 210780 99.88 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 20.709 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.8 Å20 Å20 Å2
2---1.09 Å20 Å2
3---2.89 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.033 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→29.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4992 0 46 463 5501
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0225207
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024603
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3041.9577054
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.814310736
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.795634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.96124.689273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.83415925
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7111529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2754
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025802
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021082
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.21018
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1740.24712
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.22530
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.080.22979
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1230.2329
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2440.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2510.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2230.250
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.33824038
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.49221262
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.57434956
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.05242517
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.59462087
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 828 -
Rwork0.37 15316 -
obs--99.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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