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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2epk | ||||||
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タイトル | N-acetyl-B-D-glucosaminidase (GCNA) from Streptococcus gordonii | ||||||
要素 | N-acetyl-beta-D-glucosaminidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / glycoside hydrolase (グリコシダーゼ) / family 20 / gcna / glucosaminidase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-N-acetylhexosaminidase / beta-N-acetylhexosaminidase activity / N-acetyl-beta-D-galactosaminidase activity / 代謝 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptococcus gordonii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Langley, D.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008 タイトル: Structure of N-acetyl-beta-D-glucosaminidase (GcnA) from the Endocarditis Pathogen Streptococcus gordonii and its Complex with the Mechanism-based Inhibitor NAG-thiazoline 著者: Langley, D.B. / Harty, D.W.S. / Jacques, N.A. / Hunter, N. / Guss, J.M. / Collyer, C.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2epk.cif.gz | 140.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2epk.ent.gz | 110.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2epk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/2epk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/2epk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 73034.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus gordonii (バクテリア) 株: FSS2 / 遺伝子: gcna / プラスミド: pHAR100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE) / 参照: UniProt: Q6ST21, beta-N-acetylhexosaminidase | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.63 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100mM HEPES, 2M ammonium sulphate, 0.5 %(v/v) PEG400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97928, 0.97945, 0.94929 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月21日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.85→39.97 Å / Num. all: 97867 / Num. obs: 97524 / % possible obs: 99.64 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 26.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.4 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 3.24 / % possible all: 95.58 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.85→39.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 2.807 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABINET MODEL PARAMETERS FOR MASK CACLULATION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.89 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.085 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→39.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.849→1.897 Å / Total num. of bins used: 20
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