PDB-2crm: Solution structure of the forth FNIII domain of human

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2crm

タイトル

Solution structure of the forth FNIII domain of human

要素

Fibronectin type-III domain containing protein 3a

キーワード

CELL ADHESION (細胞接着) /

FIBRONECTIN TYPE III DOMAIN (フィブロネクチンIII型ドメイン) /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

Sertoli cell development / vesicle membrane /

受精 / spermatid development / acrosomal vesicle /

細胞接着 /

ゴルジ体 / intracellular membrane-bounded organelle /

ゴルジ体 /

RNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Izumi, K. / Hayashi, F. / Yoshida, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Solution structure of the forth FNIII domain of human
著者: Izumi, K. / Hayashi, F. / Yoshida, M. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2005年5月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2crm.cif.gz	682.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2crm.ent.gz	592.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2crm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/2crm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/2crm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2ect-d 6o4j-1 6xjf-8 1wep-d 5u2c-1 1adn-d 4f8p-1 2d1x-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: hsk002100947.5

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fibronectin type-III domain containing protein 3a

12.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function, structures with the lowest energy, structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Fibronectin type-III domain containing protein 3a 分子量: 12734.272 Da / 分子数: 1 / 断片: fn3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: cell free protein synthesis / 遺伝子: FNDC3, KIAA0970 / プラスミド: P040628-02 / 参照: UniProt: Q9Y2H6

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 0.79mM 13C, 15N-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120mM / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: JEOL ECA / 製造業者: JEOL / モデル: ECA / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Delta NMR	4.3	JEOL	collection
NMRPipe	20031121	Delaglio,F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson,B.A.	データ解析
KUJIRA	0.9296	Kobayashi,N.	データ解析
CYANA	2.0.17	Guntert,P.	構造決定
CYANA	2.0.17	Guntert,P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function, structures with the lowest energy, structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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