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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cds | ||||||
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タイトル | LYSOZYME | ||||||
要素 | PROTEIN (LYSOZYME (E.C.3.2.1.17)) | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / HYDROLASE (O-GLYCOSYL) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / その他 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Kleywegt, G.J. / Divne, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structure of Lysozyme 著者: Kleywegt, G.J. / Divne, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2cds.cif.gz | 37.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2cds.ent.gz | 25.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2cds.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/2cds ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/2cds | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8lyzS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.52 % |
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 285 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→40 Å / Num. obs: 8398 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 12.8 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 8.9 |
-解析
ソフトウェア | 名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: その他 開始モデル: 8LYZ 解像度: 2→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT EXCEPT FINAL ROUND / σ(F): 0 詳細: The author has informed us that water molecule hoh 228 could well be a small cation instead (probably sodium)
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溶媒の処理 | Bsol: 62 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å
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拘束条件 |
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