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- PDB-2a0b: HISTIDINE-CONTAINING PHOSPHOTRANSFER DOMAIN OF ARCB FROM ESCHERIC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a0b
タイトルHISTIDINE-CONTAINING PHOSPHOTRANSFER DOMAIN OF ARCB FROM ESCHERICHIA COLI
要素HPT DOMAIN
キーワードSENSORY TRANSDUCTION / HISTIDINE KINASE / PHOSPHOTRANSFER / TWO-COMPONENT SYSTEM / FOUR-HELIX BUNDLE (ヘリックスバンドル)
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-histidine phosphorylation / response to oxygen levels / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / plasma membrane => GO:0005886 / phosphoprotein phosphatase activity / protein autophosphorylation / regulation of DNA-templated transcription / シグナル伝達 / ATP binding ...peptidyl-histidine phosphorylation / response to oxygen levels / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / plasma membrane => GO:0005886 / phosphoprotein phosphatase activity / protein autophosphorylation / regulation of DNA-templated transcription / シグナル伝達 / ATP binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Signal transduction histidine kinase, hybrid-type, aerobic respiration control ArcB / Aerobic respiration control sensor protein ArcB, transmembrane domain superfamily / Histidine kinase receptor ArcB, transmembrane domain / Histidine kinase receptor ArcB trans-membrane domain / HPT domain / Histidine Phosphotransfer domain / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily ...Signal transduction histidine kinase, hybrid-type, aerobic respiration control ArcB / Aerobic respiration control sensor protein ArcB, transmembrane domain superfamily / Histidine kinase receptor ArcB, transmembrane domain / Histidine kinase receptor ArcB trans-membrane domain / HPT domain / Histidine Phosphotransfer domain / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Aerobic respiration control sensor protein ArcB / Aerobic respiration control sensor protein ArcB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Kato, M. / Mizuno, T. / Shimizu, T. / Hakoshima, T.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Refined structure of the histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain of the anaerobic sensor kinase ArcB from Escherichia coli at 1.57 A resolution.
著者: Kato, M. / Mizuno, T. / Shimizu, T. / Hakoshima, T.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1997
タイトル: Insights Into Multistep Phosphorelay from the Crystal Structure of the C-Terminal Hpt Domain of Arcb
著者: Kato, M. / Mizuno, T. / Shimizu, T. / Hakoshima, T.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of a Histidine Kinase Domain of the Anaerobic Sensor Protein Arcb from Escherichia Coli
著者: Kato, M. / Ishige, K. / Mizuno, T. / Shimizu, T. / Hakoshima, T.
履歴
登録1998年4月2日処理サイト: BNL
改定 1.01998年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HPT DOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0792
ポリマ－14,0141
非ポリマー651
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)30.456, 34.924, 110.741
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HPT DOMAIN


分子量: 14013.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PSU2DH / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): DZ225
参照: UniProt: P22763, UniProt: P0AEC3*PLUS, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 含窒素基に移すもの
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % / 解説: THE FURTHER REFINEMENT OF 1A0B
結晶化pH: 4.1
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 12.5% PEGMME 550, 5 MM ZNSO4, 50 MM ACETIC ACID/SODIUM ACETATE BUFFER, PH 4.1
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110.6 mg/mlprotein1drop
250 mMacetic acid/sodium acetate1drop
35 mM1dropZnSO4
412.5 %mPEG5501drop
513 %mPEG5501reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年9月1日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 1.57 Å / Num. obs: 16338 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 26.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 66
反射 シェル解像度: 1.57→1.7 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Rsym value: 0.19 / % possible all: 89
反射
*PLUS
% possible obs: 95 % / Num. measured all: 98202
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 89 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
N/NAモデル構築
REFMAC精密化
PROCESSデータ削減
PROCESSデータスケーリング
精密化解像度: 1.57→6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 777 4.8 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs-16033 95 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.5 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.17 Å / Luzzati d res low obs: 6 Å / Luzzati sigma a obs: 0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数956 0 1 156 1113
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0240.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0360.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0490.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.8012
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.4093
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.6942
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.1753
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0225
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1480.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1870.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2780.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.180.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.77
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor1715
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor37.120
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor015
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 16036
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.57 Å / 最低解像度: 1.63 Å / Rfactor Rfree: 0.299 / Rfactor Rwork: 0.277

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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