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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1z9g | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Analysis of Thermolysin Complexed with the Inhibitor (R)-retro-thiorphan | ||||||
要素 | Thermolysinテルモリシン | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / enzyme-inhibitor complex / zinc endopeptidase / gamma turn (ターン (生化学)) / thermostable (耐熱性) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 テルモリシン / metalloendopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Roderick, S.L. / Fournie-Zaluski, M.C. / Roques, B.P. / Matthews, B.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1989 タイトル: Thiorphan and retro-thiorphan display equivalent interactions when bound to crystalline thermolysin 著者: Roderick, S.L. / Fournie-Zaluski, M.C. / Roques, B.P. / Matthews, B.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1z9g.cif.gz | 81.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1z9g.ent.gz | 59.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1z9g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/1z9g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/1z9g | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The enzyme acts as a monomer. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34362.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア) 参照: UniProt: P00800, テルモリシン | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / | #4: 化合物 | ChemComp-RRT / ( | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: dilution with h2o / pH: 7.2 詳細: Tris acetate, calcium acetate, DMSO, pH 7.2, dilution with H2O, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-21 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: KODAK / 検出器: FILM / 日付: 1987 / 詳細: graphite monochromator, collimating slits |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 27574 / Num. obs: 27574 / % possible obs: 72 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 15.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.032 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 3TLN 3tln 解像度: 1.7→10 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: NONE / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT version 1.0 / 詳細: 40 cycles of conjugate gradient refinement
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→10 Å
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拘束条件 |
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