PDB-1z2f: solution structure of CfAFP-501

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1z2f

タイトル

solution structure of CfAFP-501

要素

Antifreeze Protein Isoform 501

不凍液

キーワード

ANTIFREEZE PROTEIN (不凍タンパク質) /

Choristoneura Fumiferana / Spruce Budworm / solution structure

機能・相同性

Choristoneura fumiferana antifreeze / Insect antifreeze protein superfamily / Choristoneura fumiferana antifreeze protein (CfAFP) / Insect antifreeze protein / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / 3 Solenoid / Mainly Beta /

Antifreeze protein isoform 501

機能・相同性情報

生物種

Choristoneura fumiferana (蝶・蛾)

手法

溶液NMR /

simulated annealing,

molecular dynamics

データ登録者

Li, C. / Jin, C.

引用

ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2005
タイトル: Solution Structure of an Antifreeze Protein CfAFP-501 from Choristoneura fumiferana
著者: Li, C. / Guo, X. / Jia, Z. / Xia, B. / Jin, C.

履歴

登録	2005年3月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1z2f.cif.gz	655.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1z2f.ent.gz	575 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1z2f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/1z2f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/1z2f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4xcr-1 1lyq-1 1m8n-2 1vhp-d 4bd4-6 2g3k-2 3vuw-3 1m8n-1 3bd4-1 2bp3-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 61111H, 13C, 15N assingments of CfAFP501

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#120 - 2009年12月不凍タンパク質 (Antifreeze Proteins) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Antifreeze Protein Isoform 501

12.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Antifreeze Protein Isoform 501 / 不凍液分子量: 12546.899 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Choristoneura fumiferana (蝶・蛾) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9GSA6

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 3D heteronuclear techniques.

-
試料調製

詳細	内容: 0.2mM CfAFP-501 U-15N,13C; 50mM phoshpate buffer,50mM sodium chloride; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 100mM / pH: 5.7 / 圧: ambient / 温度: 290 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	800	1
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	500	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.5	Bruker	collection
NMRPipe	2.1	Frank Delaglio	解析
NMRView	5	Bruce Johnson	データ解析
CYANA	1.0.6	Peter Gunter	構造決定
Amber	7		精密化

精密化

手法:

simulated annealing,

molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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