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- PDB-1yq2: beta-galactosidase from Arthrobacter sp. C2-2 (isoenzyme C2-2-1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yq2
タイトルbeta-galactosidase from Arthrobacter sp. C2-2 (isoenzyme C2-2-1)
要素beta-galactosidase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / GLYCOSYL HYDROLASE FAMILY 2 / TIM BARREL (TIMバレル) / HEXAMER (オリゴマー)
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 2, beta-galactosidase / Beta galactosidase small chain/ domain 5 / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. ...Glycoside hydrolase, family 2, beta-galactosidase / Beta galactosidase small chain/ domain 5 / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #10 / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Distorted Sandwich / グリコシダーゼ / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / 抗体 / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ラクターゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Arthrobacter sp. C2-2 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Skalova, T. / Dohnalek, J. / Spiwok, V. / Lipovova, P. / Vondrackova, E. / Petrokova, H. / Strnad, H. / Kralova, B. / Hasek, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Cold-active beta-Galactosidase from Arthrobacter sp. C2-2 Forms Compact 660kDa Hexamers: Crystal Structure at 1.9A Resolution
著者: Skalova, T. / Dohnalek, J. / Spiwok, V. / Lipovova, P. / Vondrackova, E. / Petrokova, H. / Duskova, J. / Strnad, H. / Kralova, B. / Hasek, J.
履歴
登録2005年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: beta-galactosidase
B: beta-galactosidase
C: beta-galactosidase
D: beta-galactosidase
E: beta-galactosidase
F: beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)669,20347
ポリマ－666,8756
非ポリマー2,32841
水116,5756471
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29610 Å2
ΔGint-471 kcal/mol
Surface area200250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.091, 205.698, 140.458
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.34, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細HEXAMER IN ASYMMETRIC UNIT IS BIOLOGICAL ASSEMBLY

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
beta-galactosidase / / E.C.3.2.1.23


分子量: 111145.906 Da / 分子数: 6 / 変異: V903M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrobacter sp. C2-2 (バクテリア)
遺伝子: LacZ / プラスミド: pET16b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8KRF6, beta-galactosidase

-
非ポリマー , 6種, 6512分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG 4000, sodium chloride, amonium sulphate, sodium citrate buffer, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9168 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月12日
放射モノクロメーター: Si 311 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9168 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 607777 / Num. obs: 577572 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 17 Å2 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 24388 / Rsym value: 0.451 / % possible all: 81

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.2精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DP0

1dp0


解像度: 1.9→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / SU B: 2.021 / SU ML: 0.06 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.117 / 立体化学のターゲット値: REFMAC5 DICTIONARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.195 5775 1 %RANDOM
Rwork0.15701 ---
all0.15702 607830 --
obs0.15702 577466 95.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.018 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å20 Å2-0.35 Å2
2--0.64 Å20 Å2
3----0.63 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数47305 0 79 6513 53897
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02148787
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4721.94366761
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.29856127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.66322.5392288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.463156956
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.56515497
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.27091
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0238811
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.221786
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.232454
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.25501
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1160.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1510.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2280.244
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.781.530601
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.399249134
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.206319382
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5144.517627
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 337 -
Rwork0.218 38384 -
obs-38047 85.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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