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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ynj | ||||||
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タイトル | Taq RNA polymerase-Sorangicin complex | ||||||
要素 | (DNA-directed RNA polymerase ...ポリメラーゼ) x 4 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus aquaticus (サーマス・アクアティカス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Campbell, E.A. / Pavlova, O. / Zenkin, N. / Leon, F. / Irschik, H. / Jansen, R. / Severinov, K. / Darst, S.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2005 タイトル: Structural, functional, and genetic analysis of sorangicin inhibition of bacterial RNA polymerase 著者: Campbell, E.A. / Pavlova, O. / Zenkin, N. / Leon, F. / Irschik, H. / Jansen, R. / Severinov, K. / Darst, S.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ynj.cif.gz | 644.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ynj.ent.gz | 499.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ynj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/1ynj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/1ynj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase ... , 4種, 6分子 ABCDJK
#1: タンパク質 | 分子量: 34830.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus aquaticus (サーマス・アクアティカス) 参照: UniProt: Q9KWU8, ポリメラーゼ #2: タンパク質 | | 分子量: 124930.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus aquaticus (サーマス・アクアティカス) 参照: UniProt: Q9KWU7, ポリメラーゼ #3: タンパク質 | 分子量: 171187.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus aquaticus (サーマス・アクアティカス) 参照: UniProt: Q9KWU6, ポリメラーゼ #4: タンパク質 | | 分子量: 11642.423 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus aquaticus (サーマス・アクアティカス) 参照: UniProt: Q9EVV4, ポリメラーゼ |
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-非ポリマー , 2種, 3分子
#5: 化合物 | ChemComp-SRN / |
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#6: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Tris, ammonium formate, magnesium formate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月20日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→40 Å / Num. all: 94908 / Num. obs: 93484 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.31 Å / % possible all: 98.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 3.2→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.843 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.778 / SU B: 30.294 / SU ML: 0.515 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.618 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.761 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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