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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ydc | ||||||
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タイトル | STRUCTURAL BASIS OF INHIBITOR AFFINITY TO VARIANTS OF HUMAN CARBONIC ANHYDRASE II | ||||||
要素 | CARBONIC ANHYDRASE II炭酸脱水酵素 | ||||||
キーワード | HYDRO-LYASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / 髄鞘 / extracellular exosome / zinc ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Nair, S.K. / Christianson, D.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995 タイトル: Structural basis of inhibitor affinity to variants of human carbonic anhydrase II. 著者: Nair, S.K. / Krebs, J.F. / Christianson, D.W. / Fierke, C.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ydc.cif.gz | 64.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ydc.ent.gz | 46.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ydc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/1ydc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/1ydc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 30 / 2: CIS PROLINE - PRO 202 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29191.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00918, 炭酸脱水酵素 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-HG / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | SECONDARY STRUCTURE ELEMENTS WERE DEFINED USING THE PROGRAM *DSSP* (W. KABSCH, C. SANDER, ...SECONDARY STRUCTURE ELEMENTS WERE DEFINED USING THE PROGRAM *DSSP* (W. KABSCH, C. SANDER, BIOPOLYMER |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.88 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Nair, S. K., (1993) Biochemistry, 32, 4506. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.95 Å / Num. obs: 14137 / Num. measured all: 19379 / Rmerge(I) obs: 0.094 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.95→6.5 Å / σ(I): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→6.5 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.165 / Rfactor Rwork: 0.165 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.9 |