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- PDB-1y91: Crystal structure of human CDK2 complexed with a pyrazolo[1,5-a]p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y91
タイトルCrystal structure of human CDK2 complexed with a pyrazolo[1,5-a]pyrimidine inhibitor
要素Cell division protein kinase 2細胞分裂
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Serine/Threonine protein kinase / CDK2 (サイクリン依存性キナーゼ2) / ATP-binding / Cell cycle (細胞周期) / mitosis (有糸分裂) / phosphorylation (リン酸化) / pyrazolopyrimidine inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / G2期 / cyclin-dependent protein kinase activity / Y染色体 / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation ...cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / G2期 / cyclin-dependent protein kinase activity / Y染色体 / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / X染色体 / PTK6 Regulates Cell Cycle / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / centriole replication / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / centrosome duplication / Telomere Extension By Telomerase / G0 and Early G1 / Activation of the pre-replicative complex / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / cellular response to nitric oxide / カハール体 / サイクリン依存性キナーゼ / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / Activation of ATR in response to replication stress / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / condensed chromosome / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / regulation of mitotic cell cycle / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / cyclin binding / post-translational protein modification / meiotic cell cycle / positive regulation of DNA replication / male germ cell nucleus / response to organic substance / G1/S transition of mitotic cell cycle / potassium ion transport / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / 遺伝的組換え / Orc1 removal from chromatin / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Cyclin D associated events in G1 / G2/M transition of mitotic cell cycle / 細胞老化 / Regulation of TP53 Degradation / 核膜 / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Processing of DNA double-strand break ends / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / 遺伝子発現の調節 / peptidyl-serine phosphorylation / Ras protein signal transduction / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription regulator complex / DNA複製 / chromosome, telomeric region / エンドソーム / クロマチンリモデリング / 細胞分裂 / protein domain specific binding / protein phosphorylation / DNA修復 / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / シグナル伝達 / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CT9 / サイクリン依存性キナーゼ2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Williamson, D.S. / Parratt, M.J. / Torrance, C.J. / Bower, J.F. / Moore, J.D. / Richardson, C.M. / Dokurno, P. / Cansfield, A.D. / Francis, G.L. / Hebdon, R.J. ...Williamson, D.S. / Parratt, M.J. / Torrance, C.J. / Bower, J.F. / Moore, J.D. / Richardson, C.M. / Dokurno, P. / Cansfield, A.D. / Francis, G.L. / Hebdon, R.J. / Howes, R. / Jackson, P.S. / Lockie, A.M. / Murray, J.B. / Nunns, C.L. / Powles, J. / Robertson, A. / Surgenor, A.E.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2005
タイトル: Structure-guided design of pyrazolo[1,5-a]pyrimidines as inhibitors of human cyclin-dependent kinase 2.
著者: Williamson, D.S. / Parratt, M.J. / Bower, J.F. / Moore, J.D. / Richardson, C.M. / Dokurno, P. / Cansfield, A.D. / Francis, G.L. / Hebdon, R.J. / Howes, R. / Jackson, P.S. / Lockie, A.M. / ...著者: Williamson, D.S. / Parratt, M.J. / Bower, J.F. / Moore, J.D. / Richardson, C.M. / Dokurno, P. / Cansfield, A.D. / Francis, G.L. / Hebdon, R.J. / Howes, R. / Jackson, P.S. / Lockie, A.M. / Murray, J.B. / Nunns, C.L. / Powles, J. / Robertson, A. / Surgenor, A.E. / Torrance, C.J.
履歴
登録2004年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4482
ポリマ－33,9761
非ポリマー4721
水3,423190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.372, 71.423, 72.004
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cell division protein kinase 2 / 細胞分裂 / p33 protein kinase


分子量: 33976.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF21 / 参照: UniProt: P24941, EC: 2.7.1.37
#2: 化合物 ChemComp-CT9 / 4-[5-(TRANS-4-AMINOCYCLOHEXYLAMINO)-3-ISOPROPYLPYRAZOLO[1,5-A]PYRIMIDIN-7-YLAMINO]-N,N-DIMETHYLBENZENESULFONAMIDE


分子量: 471.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H33N7O2S
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: Peg 3350, Hepes, Ammonium acetate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年7月9日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: MSC/Osmic Blue / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 24371 / Num. obs: 24371 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.65 % / Biso Wilson estimate: 18.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 1.92 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2575 / % possible all: 64.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
d*TREKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1B39

1b39


解像度: 2.15→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 8.389 / SU ML: 0.214 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.325 / ESU R Free: 0.271 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29511 752 5 %RANDOM
Rwork0.19612 ---
obs0.2009 14431 97.9 %-
all-14741 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.164 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.64 Å20 Å2
3----0.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2282 0 33 190 2505
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0222375
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0761.9763223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4925283
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1460.2358
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021764
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2660.21249
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2030.2182
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2460.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2220.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0991.51431
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.94122312
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9643944
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4094.5911
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.205 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.381 44
Rwork0.248 1042
obs-1042

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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