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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1wxv | ||||||
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タイトル | Solution structure of the ubiquitin domain of BCL-2 binding athanogene-1 | ||||||
要素 | BAG-family molecular chaperone regulator-1 | ||||||
キーワード | APOPTOSIS (アポトーシス) / structural genomics (構造ゲノミクス) / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 adenyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / chaperone cofactor-dependent protein refolding / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / protein-folding chaperone binding / cell surface receptor signaling pathway / protein stabilization / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process ...adenyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / chaperone cofactor-dependent protein refolding / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / protein-folding chaperone binding / cell surface receptor signaling pathway / protein stabilization / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / 核質 / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Niraula, T.N. / Muto, Y. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Solution structure of the ubiquitin domain of BCL-2 binding athanogene-1 著者: Niraula, T.N. / Muto, Y. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1wxv.cif.gz | 519.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1wxv.ent.gz | 454.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1wxv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/1wxv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/1wxv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9630.836 Da / 分子数: 1 / 断片: ubiquitin-like domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: BAG1 / プラスミド: P040223-36 / 参照: UniProt: Q99933 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 1.04mM ubiquitin domain U-13C, 15N; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02 % NaN3 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 100mM / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function,structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |