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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vqp | ||||||
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タイトル | The structure of the transition state analogue "RAP" bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / ribosome 50S / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / RNA-RNA COMPLEX / PROTEIN-RNA COMPLEX / PEPTIDYL TRANSFERASE REACTION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / cytosolic ribosome / large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / リボソーム生合成 / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / cytosolic ribosome / large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / リボソーム生合成 / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / nucleotide binding / DNA修復 / DNA binding / zinc ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Haloarcula marismortui (好塩性) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Schmeing, T.M. / Steitz, T.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2005 タイトル: Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction. 著者: Schmeing, T.M. / Huang, K.S. / Kitchen, D.E. / Strobel, S.A. / Steitz, T.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vqp.cif.gz | 2.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vqp.ent.gz | 1.9 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vqp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/1vqp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/1vqp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 094
#1: RNA鎖 | 分子量: 946090.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: GenBank: 3377779 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 39318.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: GenBank: 3377779 |
#3: RNA鎖 | 分子量: 2119.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: Synthetic oligo dC-dC-hydroxyphenylalanylPuromycin-PO2-A-C-C |
+50S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 28種, 28分子 ABCDEFHJKLMNOPQRSTUVWXYZ123I
-タンパク質 , 1種, 1分子 G
#10: タンパク質 | 分子量: 37213.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Haloarcula marismortui (好塩性) / 参照: UniProt: P15825 |
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-非ポリマー , 7種, 7954分子
#33: 化合物 | ChemComp-MG / #34: 化合物 | #35: 化合物 | ChemComp-NA / #36: 化合物 | ChemComp-CL / #37: 化合物 | ChemComp-SR / #38: 化合物 | ChemComp-CD / #39: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.97 % |
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 |
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 841236 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / Net I/σ(I): 22.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.31 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 98.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: pdb entry 1S72 解像度: 2.25→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→50 Å
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拘束条件 |
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