+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vcs | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Solution Structure of RSGI RUH-009, an N-Terminal Domain of Vti1a [Mus musculus] | ||||||
要素 | Vesicle transport through interaction with t-SNAREs homolog 1A | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / SNARE / Habc domain / Vti1 / up and down three helix bundle / left-handed twist / vesicle transport (小胞) / membrane fusion / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 synaptic vesicle to endosome fusion / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / Intra-Golgi traffic / vesicle fusion with Golgi apparatus / Golgi ribbon formation / Golgi to vacuole transport / voluntary musculoskeletal movement / SNARE complex / SNAP receptor activity / intra-Golgi vesicle-mediated transport ...synaptic vesicle to endosome fusion / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / Intra-Golgi traffic / vesicle fusion with Golgi apparatus / Golgi ribbon formation / Golgi to vacuole transport / voluntary musculoskeletal movement / SNARE complex / SNAP receptor activity / intra-Golgi vesicle-mediated transport / protein targeting to vacuole / neuron projection terminus / retrograde transport, endosome to Golgi / クラスリン / オートファゴソーム / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / SNARE binding / ER to Golgi transport vesicle membrane / オートファジー / シナプス小胞 / late endosome membrane / membrane => GO:0016020 / エンドソーム / ゴルジ体 / intracellular membrane-bounded organelle / neuronal cell body / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dyanamics | ||||||
データ登録者 | Abe, T. / Hirota, H. / Tomizawa, T. / Koshiba, S. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Solution Structure of RSGI RUH-009, an N-Terminal Domain of Vti1a [Mus musculus] 著者: Abe, T. / Hirota, H. / Tomizawa, T. / Koshiba, S. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
| ||||||
Remark 650 | HELIX determination method: author determined |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vcs.cif.gz | 620.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1vcs.ent.gz | 519.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vcs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/1vcs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/1vcs | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
類似構造データ | |
---|---|
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11466.877 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain (Residues 6-94) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: Cell-free protein synthesis system 遺伝子: Mus musculus adult male lung cDNA, RIKEN full-length enriched library, clone:1200014A22 product: Vti1a (amino acid 6-94) プラスミド: P030825-55 / 参照: UniProt: O89116 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
| ||||||||||||
NMR実験の詳細 | Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy. |
-試料調製
詳細 | 内容: 1.0mM RSGI RUH-009 U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl buffer; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
---|---|
試料状態 | イオン強度: 100mM / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
---|---|
放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz |
-解析
NMR software |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: simulated annealing, torsion angle dyanamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy and target function | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |