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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1v64 | ||||||
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タイトル | Solution structure of the 3rd HMG box of mouse UBF1 | ||||||
要素 | Nucleolar transcription factor 1 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Transcription factor (転写因子) / DNA binding (デオキシリボ核酸) / structural genomics (構造ゲノミクス) / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase I Promoter Opening / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA polymerase I cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription elongation by RNA polymerase I ...RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase I Promoter Opening / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA polymerase I cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription elongation by RNA polymerase I / transcription by RNA polymerase I / cellular response to leukemia inhibitory factor / 核小体 / scaffold protein binding / chromatin binding / 核小体 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 溶液NMR | ||||||
データ登録者 | Saito, K. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Solution structure of the 3rd HMG box of mouse UBF1 著者: Saito, K. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1v64.cif.gz | 662.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1v64.ent.gz | 557.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1v64.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/1v64 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/1v64 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12275.919 Da / 分子数: 1 / 断片: HMG box domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: RIKEN cDNA 1300010N03 / プラスミド: P030107-50 / 参照: UniProt: P25976 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 1mM HMG box domain, 20mM d-Tris-HCl, 100mM NaCl, 1mM d-DTT, 0.02% NaN3, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 120 / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz |
-解析
NMR software |
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代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |