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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ugf | ||||||
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タイトル | HUMAN CARBONIC ANHYDRASE II [HCAII] (E.C.4.2.1.1) MUTANT WITH ALA 65 REPLACED BY THR (A65T) | ||||||
要素 | CARBONIC ANHYDRASE II炭酸脱水酵素 | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / ACETYLATION (アセチル化) / ZINC (亜鉛) / POLYMORPHISM / DISEASE MUTATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / regulation of intracellular pH / morphogenesis of an epithelium / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / 髄鞘 / extracellular exosome / zinc ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Scolnick, L.R. / Christianson, D.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: X-ray crystallographic studies of alanine-65 variants of carbonic anhydrase II reveal the structural basis of compromised proton transfer in catalysis. 著者: Scolnick, L.R. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ugf.cif.gz | 67 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ugf.ent.gz | 48 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ugf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/1ugf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/1ugf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29100.812 Da / 分子数: 1 / 変異: A65T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: BL21 / 遺伝子: CAII / プラスミド: PCAM / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): CAII / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P00918, 炭酸脱水酵素 |
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#2: 化合物 | ChemComp-HG / |
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#4: 化合物 | ChemComp-AZI / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: 50MM TRIS-HCL, PH=8.0, 1.95 - 3.9M NH4SO4 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年1月15日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→7.2 Å / Num. obs: 17315 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 16.2 Å2 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 8 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.16 / % possible all: 74.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 41320 / Rmerge(I) obs: 0.059 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 74.6 % / Rmerge(I) obs: 0.16 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER 開始モデル: NATIVE CAII, (HAKANSSON, ET AL., 1992) 解像度: 2→6.5 Å / 交差検証法: R-FREE / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 17.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati d res low obs: 12 Å / Luzzati sigma a obs: 0.23 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→6.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.09 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.24 |