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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1twr | ||||||
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タイトル | Crystal structures of ferrous and ferrous-NO forms of verdoheme in a complex with human heme oxygenase-1: catalytic implications for heme cleavage | ||||||
要素 | Heme oxygenase 1HMOX1 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / heme oxygenase-1 (ヘム酸素添加酵素) / heme degredation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Regulation of HMOX1 expression and activity / heme oxygenase (biliverdin-producing) / low-density lipoprotein particle clearance / cellular response to cisplatin / heme oxidation / smooth muscle hyperplasia / negative regulation of leukocyte migration / heme oxygenase (decyclizing) activity / wound healing involved in inflammatory response / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis ...Regulation of HMOX1 expression and activity / heme oxygenase (biliverdin-producing) / low-density lipoprotein particle clearance / cellular response to cisplatin / heme oxidation / smooth muscle hyperplasia / negative regulation of leukocyte migration / heme oxygenase (decyclizing) activity / wound healing involved in inflammatory response / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / heme catabolic process / cellular response to arsenic-containing substance / endothelial cell proliferation / erythrocyte homeostasis / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / Heme degradation / epithelial cell apoptotic process / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / negative regulation of macroautophagy / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of macroautophagy / The NLRP3 inflammasome / regulation of angiogenesis / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of chemokine production / cellular response to cadmium ion / response to nicotine / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / オートファジー / Iron uptake and transport / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / Heme signaling / response to hydrogen peroxide / Cytoprotection by HMOX1 / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of angiogenesis / cellular response to heat / cellular response to hypoxia / 血管新生 / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / response to oxidative stress / intracellular iron ion homeostasis / mitochondrial outer membrane / intracellular signal transduction / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / regulation of transcription by RNA polymerase II / perinuclear region of cytoplasm / structural molecule activity / enzyme binding / 小胞体 / protein homodimerization activity / extracellular space / 核質 / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Lad, L. / Ortiz de Montellano, P.R. / Poulos, T.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2004 タイトル: Crystal structures of ferrous and ferrous-NO forms of verdoheme in a complex with human heme oxygenase-1: catalytic implications for heme cleavage. 著者: Lad, L. / Ortiz de Montellano, P.R. / Poulos, T.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1twr.cif.gz | 104.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1twr.ent.gz | 79.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1twr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/1twr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/1twr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26898.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HMOX1, HO1, HO / プラスミド: pCWORI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): dh5alpha 参照: UniProt: P09601, heme oxygenase (biliverdin-producing) #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 23 % |
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結晶化 | 温度: 301 K / 手法: liquid diffusion / pH: 8 詳細: NH4SO4, Hepes, NaCl, pH 8.0, LIQUID DIFFUSION, temperature 301K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 119 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 64321 / Num. obs: 59654 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rsym value: 0.025 / Net I/σ(I): 10.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 5476 / Rsym value: 0.25 / % possible all: 94.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 1qq8 1qq8 最高解像度: 2.1 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.1 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å
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