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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tui | ||||||
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タイトル | INTACT ELONGATION FACTOR TU IN COMPLEX WITH GDP | ||||||
要素 | ELONGATION FACTOR TUEF-Tu | ||||||
キーワード | ELONGATION FACTOR / PROTEIN BIOSYNTHESIS (タンパク質生合成) / GTP-BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermus aquaticus (サーマス・アクアティカス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Polekhina, G. / Thirup, S. / Kjeldgaard, M. / Nissen, P. / Lippmann, C. / Nyborg, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1996 タイトル: Helix unwinding in the effector region of elongation factor EF-Tu-GDP. 著者: Polekhina, G. / Thirup, S. / Kjeldgaard, M. / Nissen, P. / Lippmann, C. / Nyborg, J. #1: ジャーナル: Science / 年: 1995 タイトル: Crystal Structure of the Ternary Complex of Phe-tRNAphe, EF-TU, and a GTP Analog 著者: Nissen, P. / Kjeldgaard, M. / Thirup, S. / Polekhina, G. / Reshetnikova, L. / Clark, B.F. / Nyborg, J. #2: ジャーナル: Structure / 年: 1993 タイトル: The Crystal Structure of Elongation Factor EF-TU from Thermus Aquaticus in the GTP Conformation 著者: Kjeldgaard, M. / Nissen, P. / Thirup, S. / Nyborg, J. #3: ジャーナル: Nature / 年: 1993 タイトル: Crystal Structure of Active Elongation Factor TU Reveals Major Domain Rearrangements 著者: Berchtold, H. / Reshetnikova, L. / Reiser, C.O. / Schirmer, N.K. / Sprinzl, M. / Hilgenfeld, R. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992 タイトル: Refined Structure of Elongation Factor EF-TU from Escherichia Coli 著者: Kjeldgaard, M. / Nyborg, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1tui.cif.gz | 238.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1tui.ent.gz | 194.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1tui.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/1tui ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/1tui | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44742.980 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus aquaticus (サーマス・アクアティカス) 株: YT-1 / 参照: UniProt: Q01698 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.95 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年5月30日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.067 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 56660 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 2.8 Å / % possible obs: 99.9 % / Num. unique obs: 5586 / Rmerge(I) obs: 0.434 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.7→20 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | |||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.235 / Rfactor Rfree: 0.306 | |||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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