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- PDB-1toq: CRYSTAL STRUCTURE OF A GALACTOSE SPECIFIC LECTIN FROM ARTOCARPUS ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1toq
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A GALACTOSE SPECIFIC LECTIN FROM ARTOCARPUS HIRSUTA IN COMPLEX WITH METHYL-a-D-GALACTOSE
要素
  • AGGLUTININ ALPHA CHAIN
  • AGGLUTININ BETA CHAIN
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Artocarpus hirsuta / Moraceae plant lectins / Jacalin family / Post-translational modification (翻訳後修飾) / Carbohydrate specificity / Methyl--D-galactose / Three-dimensional structure / -prism I fold.
機能・相同性
機能・相同性情報


IgA binding / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Jacalin-like lectin domain, plant / Jacalin-like lectin domain / Aligned Prism / Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-type lectin domain profile. / Jacalin-like lectin domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
methyl alpha-D-galactopyranoside / Agglutinin alpha chain / Agglutinin beta-3 chain
類似検索 - 構成要素
生物種Artocarpus hirsutus (植物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Rao, K.N. / Suresh, C.G. / Katre, U.V. / Gaikwad, S.M. / Khan, M.I.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Two orthorhombic crystal structures of a galactose-specific lectin from Artocarpus hirsuta in complex with methyl-alpha-D-galactose.
著者: Rao, K.N. / Suresh, C.G. / Katre, U.V. / Gaikwad, S.M. / Khan, M.I.
履歴
登録2004年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年8月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 525SOLVENT MOLECULES SOLVENT MOLECULES 1 - 31 ARE ASSOCIATED WITH COMPLEX A-B. SOLVENT MOLECULES 101- ...SOLVENT MOLECULES SOLVENT MOLECULES 1 - 31 ARE ASSOCIATED WITH COMPLEX A-B. SOLVENT MOLECULES 101-130 ARE ASSOCIATED WITH COMPLEX A-B. SOLVENT MOLECULES 201-227 ARE ASSOCIATED WITH COMPLEX A-B. SOLVENT MOLECULES 301-329 ARE ASSOCIATED WITH COMPLEX A-B.
Remark 999SEQUENCE sEQUENCE OF THESE MOLECULES IS NOT YET AVAILABLE IN ANY SEQUENCE DATABASE

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
B: AGGLUTININ BETA CHAIN
C: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
D: AGGLUTININ BETA CHAIN
E: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
F: AGGLUTININ BETA CHAIN
G: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
H: AGGLUTININ BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,44312
ポリマ－66,6668
非ポリマー7774
水1,982110
1
A: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
B: AGGLUTININ BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8613
ポリマ－16,6672
非ポリマー1941
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area8330 Å2
手法PISA
2
C: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
D: AGGLUTININ BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8613
ポリマ－16,6672
非ポリマー1941
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area8220 Å2
手法PISA
3
E: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
F: AGGLUTININ BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8613
ポリマ－16,6672
非ポリマー1941
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1000 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area7820 Å2
手法PISA
4
G: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
H: AGGLUTININ BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8613
ポリマ－16,6672
非ポリマー1941
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1010 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area7850 Å2
手法PISA
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12270 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area24340 Å2
手法PISA
6
A: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
B: AGGLUTININ BETA CHAIN
C: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
D: AGGLUTININ BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7216
ポリマ－33,3334
非ポリマー3882
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4520 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area14410 Å2
手法PISA
7
E: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
F: AGGLUTININ BETA CHAIN
G: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
H: AGGLUTININ BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7216
ポリマ－33,3334
非ポリマー3882
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area13500 Å2
手法PISA
8
A: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
B: AGGLUTININ BETA CHAIN
E: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
F: AGGLUTININ BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7216
ポリマ－33,3334
非ポリマー3882
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3750 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area14520 Å2
手法PISA
9
C: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
D: AGGLUTININ BETA CHAIN
G: AGGLUTININ ALPHA CHAIN
H: AGGLUTININ BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7216
ポリマ－33,3334
非ポリマー3882
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area14390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.372, 98.655, 164.884
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
AGGLUTININ ALPHA CHAIN


分子量: 14605.298 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SEEDS / 由来: (天然) Artocarpus hirsutus (植物) / 参照: UniProt: P18670*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド
AGGLUTININ BETA CHAIN


分子量: 2061.253 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized / 参照: UniProt: P18673*PLUS
#3: 糖
ChemComp-AMG / methyl alpha-D-galactopyranoside / ALPHA-METHYL-D-GALACTOSIDE / methyl alpha-D-galactoside / methyl D-galactoside / methyl galactoside / メチルα-D-ガラクトピラノシド / Methyl-α-D-galactose


タイプ: D-saccharide / 分子量: 194.182 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H14O6
識別子タイププログラム
DGalp[1Me]aCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
1-methyl-a-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-methyl-galactosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 80 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.2 M PO4 BUFFER, 35% AMMONIUM SULPHATE,METHYL ALPHA GALACTOSE, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年9月12日 / 詳細: CONFOCAL
放射モノクロメーター: MIRROR OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→60 Å / Num. all: 50815 / Num. obs: 50815 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 42.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 11.53
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.268 / Mean I/σ(I) obs: 3.13 / Num. unique all: 5103 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JAC

1jac


解像度: 2.5→15 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: FREE R FACTOR / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.235 2358 RANDOM
Rwork0.197 --
all-50815 -
obs-46666 -
原子変位パラメータBiso mean: 47.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4564 0 52 110 4726
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.6 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 293 -
Rwork0.24 --
obs-5783 93.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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