+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1syg | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | ENGINEERING ALTERNATIVE BETA-TURN TYPES IN STAPHYLOCOCCAL NUCLEASE | ||||||
要素 | STAPHYLOCOCCAL NUCLEASEMicrococcal nuclease | ||||||
キーワード | HYDROLASE(PHOSPHORIC DIESTER) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endonuclease activity, active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and producing 3'-phosphomonoesters / micrococcal nuclease / nucleic acid binding / extracellular region / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Hynes, T.R. / Hodel, A. / Fox, R.O. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 タイトル: Engineering alternative beta-turn types in staphylococcal nuclease. 著者: Hynes, T.R. / Hodel, A. / Fox, R.O. #1: ジャーナル: Proteins / 年: 1991 タイトル: The Crystal Structure of Staphylococcal Nuclease Refined at 1.7 Angstroms Resolution 著者: Hynes, T.R. / Fox, R.O. #2: ジャーナル: Nature / 年: 1989 タイトル: Transfer of a Beta-Turn Structure to a New Protein Context 著者: Hynes, T.R. / Kautz, R.A. / Goodman, M.A. / Gill, J.F. / Fox, R.O. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1syg.cif.gz | 38.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1syg.ent.gz | 26.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1syg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/1syg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/1syg | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16817.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: P00644, micrococcal nuclease |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.27 % | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | *PLUS 温度: 5 ℃ / pH: 8.15 / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. obs: 10281 / % possible obs: 99 % / Num. measured all: 87597 / Rmerge(I) obs: 0.07 |
---|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | Rfactor Rwork: 0.194 / Rfactor obs: 0.194 / 最高解像度: 1.9 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.9 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.194 / Rfactor Rwork: 0.194 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 1.586 |