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万見
- PDB-1sp8: 4-Hydroxyphenylpyruvate Dioxygenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sp8
タイトル4-Hydroxyphenylpyruvate Dioxygenase
要素4-Hydroxyphenylpyruvate Dioxygenase4-ヒドロキシフェニルピルビン酸ジオキシゲナーゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素)
機能・相同性2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Roll / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Fritze, I.M. / Linden, L. / Freigang, J. / Auerbach, G. / Huber, R. / Steinbacher, S.
引用ジャーナル: Plant physiol. / 年: 2004
タイトル: The crystal structures of Zea mays and Arabidopsis 4-Hydroxyphenylpyruvate Dioxygenase
著者: Fritze, I.M. / Linden, L. / Freigang, J. / Auerbach, G. / Huber, R. / Steinbacher, S.
履歴
登録2004年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
Remark 999SEQUENCE The sequence of this protein does not match to any of the database sequence.

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-Hydroxyphenylpyruvate Dioxygenase
B: 4-Hydroxyphenylpyruvate Dioxygenase
C: 4-Hydroxyphenylpyruvate Dioxygenase
D: 4-Hydroxyphenylpyruvate Dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,5608
ポリマ－179,3364
非ポリマー2234
水15,259847
1
A: 4-Hydroxyphenylpyruvate Dioxygenase
B: 4-Hydroxyphenylpyruvate Dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,7804
ポリマ－89,6682
非ポリマー1122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3420 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area30830 Å2
手法PISA
2
C: 4-Hydroxyphenylpyruvate Dioxygenase
D: 4-Hydroxyphenylpyruvate Dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,7804
ポリマ－89,6682
非ポリマー1122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3490 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area30700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89, 110.9, 174.8
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
4-Hydroxyphenylpyruvate Dioxygenase / 4-ヒドロキシフェニルピルビン酸ジオキシゲナーゼ


分子量: 44834.035 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / プラスミド: pET14b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 847 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.86 %

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データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2→19.84 Å / Num. obs: 115602 / % possible obs: 98.6 %
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア名称: CNS / バージョン: 1.1 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2→19.84 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.324 -
Rwork0.275 -
obs-115214
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11809 0 4 847 12660

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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