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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rzz | ||||||
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タイトル | PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER DOUBLE MUTANT FROM RHODOBACTER SPHAEROIDES WITH ASP L213 REPLACED WITH ASN AND ARG M233 REPLACED WITH CYS IN THE CHARGE-NEUTRAL DQAQB STATE (TETRAGONAL FORM) | ||||||
要素 | (Reaction center protein ...Photosynthetic reaction centre) x 3 | ||||||
キーワード | PHOTOSYNTHESIS (光合成) / BACTERIAL PHOTOSYNTHESIS / RHODOBACTER SPHAEROIDES / PROTON TRANSFER PATHWAY / REVERTANT (サプレッサ突然変異) / INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / membrane => GO:0016020 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Xu, Q. / Axelrod, H.L. / Abresch, E.C. / Paddock, M.L. / Okamura, M.Y. / Feher, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2004 タイトル: X-Ray Structure Determination of Three Mutants of the Bacterial Photosynthetic Reaction Centers from Rb. sphaeroides; Altered Proton Transfer Pathways. 著者: Xu, Q. / Axelrod, H.L. / Abresch, E.C. / Paddock, M.L. / Okamura, M.Y. / Feher, G. #1: ジャーナル: Photosynth.Res. / 年: 1998 タイトル: Characterization of Second Site Mutations Show that Fast Proton Transfer to Qb- is Restored in Bacterial Reaction Centers of Rhodobacter Sphaeroides Containing the Asp-L213->Asn Lesion 著者: Paddock, M.L. / Senft, M.E. / Graige, M.S. / Rongey, S.H. / Turanchik, T. / Feher, G. / Okamura, M.Y. #2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000 タイトル: Determination of the Binding Sites of the Proton Transfer Inhibitors Cd2+ and Zn2+ in Bacterial Reaction Centers 著者: Axelrod, H.L. / Abresch, E.C. / Paddock, M.L. / Okamura, M.Y. / Feher, G. #3: ジャーナル: Photosynth.Res. / 年: 1998 タイトル: Identification of Proton Transfer Pathways in the X-Ray Crystal Structure of the Bacterial Reaction Center from Rhodobacter Sphaeroides 著者: Abresch, E.C. / Paddock, M.L. / Stowell, M.H.B. / Mcphillips, T.M. / Axelrod, H.L. / Soltis, S.M. / Rees, D.C. / Okamura, M.Y. / Feher, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rzz.cif.gz | 371.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rzz.ent.gz | 299.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rzz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/1rzz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/1rzz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-Reaction center protein ... , 3種, 6分子 LRMSHT
#1: タンパク質 | 分子量: 31345.404 Da / 分子数: 2 / 変異: D213N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) 遺伝子: PUFL / 発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P02954, UniProt: P0C0Y8*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 34344.488 Da / 分子数: 2 / 変異: R233C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) 遺伝子: PUFM / 発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P02953, UniProt: P0C0Y9*PLUS #3: タンパク質 | 分子量: 28066.322 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) 遺伝子: PUHA / 発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P11846, UniProt: P0C0Y7*PLUS |
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-非ポリマー , 7種, 498分子
#4: 化合物 | ChemComp-BCL / #5: 化合物 | ChemComp-U10 / #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-BPH / #8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-LDA / #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG4000, TRIS-HCL, EDTA, LDAO, HAPTANETRIOL, SODIUM CHLORIDE, pH 8.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.03 / 波長: 1.03 Å |
検出器 | タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2000年1月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→39.84 Å / Num. all: 104640 / Num. obs: 104640 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 42 Å2 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 5.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.404 / % possible all: 95.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1AIJ 解像度: 2.4→39.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 3628554.26 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.3101 Å2 / ksol: 0.376116 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→39.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
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