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万見
- PDB-1ryq: Putative DNA-directed RNA polymerase, subunit e'' from Pyrococcus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ryq
タイトルPutative DNA-directed RNA polymerase, subunit e'' from Pyrococcus Furiosus Pfu-263306-001
要素DNA-directed RNA polymerase, subunit e''ポリメラーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Structural genomics (構造ゲノミクス) / RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / Zinc (亜鉛) / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Rubrerythrin, domain 2 - #90 / Archaeal transcription elongation factor Spt4 / Archaeal transcription elongation factor Spt4 superfamily / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Rubrerythrin, domain 2 / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / Single Sheet / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription elongation factor Spt4
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 多波長異常分散 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Liu, Z.-J. / Chen, L. / Tempel, W. / Shah, A. / Arendall III, W.B. / Rose, J.P. / Brereton, P.S. / Izumi, M. / Jenney Jr., F.E. / Lee, H.S. ...Liu, Z.-J. / Chen, L. / Tempel, W. / Shah, A. / Arendall III, W.B. / Rose, J.P. / Brereton, P.S. / Izumi, M. / Jenney Jr., F.E. / Lee, H.S. / Poole II, F.L. / Shah, C. / Sugar, F.J. / Adams, M.W.W. / Richardson, D.C. / Richardson, J.S. / Wang, B.-C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Parameter-space screening: a powerful tool for high-throughput crystal structure determination.
著者: Liu, Z.J. / Lin, D. / Tempel, W. / Praissman, J.L. / Rose, J.P. / Wang, B.C.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: The high-throughput protein-to-structure pipeline at SECSG
著者: Liu, Z.-J. / Tempel, W. / Ng, J.D. / Lin, D. / Shah, A.K. / Chen, L. / Horanyi, P.S. / Habel, J.E. / Kataeva, I.A. / Xu, H. / Yang, H. / Chang, J.C. / Huang, L. / Chang, S.H. / Zhou, W. / ...著者: Liu, Z.-J. / Tempel, W. / Ng, J.D. / Lin, D. / Shah, A.K. / Chen, L. / Horanyi, P.S. / Habel, J.E. / Kataeva, I.A. / Xu, H. / Yang, H. / Chang, J.C. / Huang, L. / Chang, S.H. / Zhou, W. / Lee, D. / Praissman, J.L. / Zhang, H. / Newton, M.G. / Rose, J.P. / Richardson, J.S. / Richardson, D.C. / Wang, B.C.
履歴
登録2003年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 6THE PROTEIN WAS CLONED, EXPRESSED AND PURIFIED BY THE SECSG PYROCOCCUS PROTEIN PRODUCTION GROUP (M. ...THE PROTEIN WAS CLONED, EXPRESSED AND PURIFIED BY THE SECSG PYROCOCCUS PROTEIN PRODUCTION GROUP (M.W.W.ADAMS, P.S.BRERETON, M.IZUMI, F.E.JENNEY JR., H.-S.LEE, F.L.POOLE II, C.SHAH, F.SUGAR) UNDER THE DIRECTION OF M.W.W.ADAMS.
Remark 300BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN.
Remark 999SEQUENCE Residue identifiers for the HIS tag coordinates are tentative. Discontinuous electron ...SEQUENCE Residue identifiers for the HIS tag coordinates are tentative. Discontinuous electron density at the N-terminus of the peptide does not permit a confident alignment of the visible histidine residues with the clone sequence.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase, subunit e''
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9432
ポリマ－7,8781
非ポリマー651
水61334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.534, 45.534, 50.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase, subunit e'' / ポリメラーゼ


分子量: 7877.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U440
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.21 %
結晶化温度: 297 K / pH: 6.6
詳細: 100mM sodium citrate, 25% PEG 3000, pH 6.6, modified batch crystallization, temperature 297K, pH 6.60

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→50 Å / Num. obs: 12502 / Rmerge(I) obs: 0.062
反射 シェル解像度: 1.38→1.43 Å / Rmerge(I) obs: 0.207 / % possible all: 79.9

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MADD res high: 2.5 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.45 / 反射: 2269
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1I19.6790.6820.4750.140.88
2I27.4020.710.170.1330.226
3I9.760.7880.2210.0830.123
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
8.52-200.37130
5.54-8.520.41200
4.38-5.540.45240
3.74-4.380.45284
3.31-3.740.47316
3-3.310.49340
2.77-30.45359
2.58-2.770.46400
Phasing dmFOM : 0.54 / FOM acentric: 0.55 / FOM centric: 0.46 / 反射: 3676 / Reflection acentric: 3015 / Reflection centric: 661
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
19.771-60.870.870.6418510877
6-3.80.820.880.68518384134
3.8-30.770.820.55638520118
3-2.60.650.70.43623520103
2.6-2.30.360.370.271094945149
2.3-2.10.190.180.2161853880

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMACrefmac_5.1.24 24/04/2001精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.38→39.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20435 607 4.9 %RANDOM
Rwork0.19321 ---
obs0.19374 11867 97.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.317 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.74 Å20.37 Å20 Å2
2--0.74 Å20 Å2
3----1.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.38→39.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数489 0 1 34 524
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.021499
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3371.913673
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.508562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.276
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02373
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1840.2198
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.090.223
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1460.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1230.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9062314
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0743507
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.212185
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0663166
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.38→1.42 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.284 40
Rwork0.219 746

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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