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- PDB-1rff: Crystal structure of human Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase complexe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rff
タイトルCrystal structure of human Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase complexed with vanadate, octapeptide KLNYYDPR, and tetranucleotide AGTT.
要素
  • 5'-D(*AP*GP*TP*T)-3'
  • Topoisomerase I-Derived Peptide
  • Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
キーワードHYDROLASE/DNA / Protein-DNA complex (デオキシリボ核酸) / vanadate complex (バナジン酸塩) / transition state mimic / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / single strand break repair / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / exonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / DNA修復 / intracellular membrane-bounded organelle ...3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / single strand break repair / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / exonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / DNA修復 / intracellular membrane-bounded organelle / 核質 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tyrosyl-DNA phosphodiesterase I / Tyrosyl-DNA phosphodiesterase / Endonuclease Chain A / Endonuclease; Chain A / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
スペルミン / VANADATE ION / デオキシリボ核酸 / Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Davies, D.R. / Interthal, H. / Champoux, J.J. / Hol, W.G.
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2004
タイトル: Explorations of peptide and oligonucleotide binding sites of tyrosyl-DNA phosphodiesterase using vanadate complexes.
著者: Davies, D.R. / Interthal, H. / Champoux, J.J. / Hol, W.G.
#1: ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of a transition state mimic for Tdp1 assembled from vanadate, DNA, and a topoisomerase I-derived peptide
著者: Davies, D.R. / Interthal, H. / Champoux, J.J. / Hol, W.G.J.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Insights into substrate binding and catalytic mechanism of human Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase (Tdp1) from vanadate and tungstate-inhibited structures
著者: Davies, D.R. / Interthal, H. / Champoux, J.J. / Hol, W.G.J.
#3: ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: The crystal structure of human Tyrosyl-DNA Phosphodiesterase, Tdp1
著者: Davies, D.R. / Interthal, H. / Champoux, J.J. / Hol, W.G.J.
履歴
登録2003年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: 5'-D(*AP*GP*TP*T)-3'
F: 5'-D(*AP*GP*TP*T)-3'
A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
C: Topoisomerase I-Derived Peptide
E: Topoisomerase I-Derived Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,64910
ポリマ－114,0146
非ポリマー6354
水6,179343
1
D: 5'-D(*AP*GP*TP*T)-3'
A: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
C: Topoisomerase I-Derived Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3255
ポリマ－57,0073
非ポリマー3172
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: 5'-D(*AP*GP*TP*T)-3'
B: Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
E: Topoisomerase I-Derived Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3255
ポリマ－57,0073
非ポリマー3172
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.076, 104.904, 193.832
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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DNA鎖 / タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 3種, 6分子 DFABCE

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*GP*TP*T)-3'


分子量: 1205.841 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 / 3.1.4.- / Tyr-DNA phosphodiesterase 1 / Tdp1


分子量: 54731.195 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 149-608 / Mutation: D322N, M328T, F548L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDP1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NUW8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#3: タンパク質・ペプチド Topoisomerase I-Derived Peptide


分子量: 1070.200 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 720-727 / Mutation: L724Y / 由来タイプ: 合成
詳細: THE Peptide WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THE Peptide IS NATURALLY FOUND IN "Homo sapiens" (Human).
キーワード: L724Y

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非ポリマー , 3種, 347分子

#4: 化合物 ChemComp-VO4 / VANADATE ION / バナジン酸塩


分子量: 114.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO4
#5: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.84 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: PEG 3000, NaCl, HEPES, spermine, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 300011
2NaCl塩化ナトリウム11
3HEPES11
4spermineスペルミン11
5H2O11
6PEG 300012
7NaCl塩化ナトリウム12
8H2O12
結晶化
*PLUS
pH: 8.2 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
16.5 mg/mlprotein1drop
2250 mM1dropNaCl
315 mMTris1droppH8.2
41 mMEDTA1drop
519-21 %PEG30001reservoir
6200 mM1reservoirNaCl
710 mMspermine1reservoir
8100 mMHEPES1reservoiror MOPS, pH7.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 103225 / Num. obs: 103255 / % possible obs: 90.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.52 % / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 21.04
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.482 / % possible all: 64.6
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.071
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 64.6 % / Rmerge(I) obs: 0.482

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1jy1

1jy1


解像度: 1.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 2.321 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21325 5161 5 %RANDOM
Rwork0.19258 ---
all0.19364 102833 --
obs0.19364 97672 90.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.569 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.63 Å20 Å20 Å2
2--2 Å20 Å2
3----1.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6933 102 34 343 7412
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0217300
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3351.9579925
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2545857
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.21045
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025477
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.33160
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.5775
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.10.52
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2110.336
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1650.56
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.74534326
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.75446974
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.82442974
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2962951
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.334 280
Rwork0.32 4971
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 50 Å / Rfactor Rfree: 0.213 / Rfactor Rwork: 0.193
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.335

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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