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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1r5b | ||||||
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タイトル | Crystal structure analysis of sup35 | ||||||
要素 | Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit | ||||||
キーワード | TRANSLATION (翻訳 (生物学)) / TRANSLATION TERMINATION / PEPTIDE RELEASE / GTPASE (GTPアーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Eukaryotic Translation Termination / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / cytoplasmic translational termination / translation release factor complex / translation release factor activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / 翻訳 (生物学) / GTPase activity ...Eukaryotic Translation Termination / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / cytoplasmic translational termination / translation release factor complex / translation release factor activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / 翻訳 (生物学) / GTPase activity / GTP binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Kong, C. / Song, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004 タイトル: Crystal structure and functional analysis of the eukaryotic class II release factor eRF3 from S. pombe 著者: Kong, C. / Ito, K. / Walsh, M.A. / Wada, M. / Liu, Y. / Kumar, S. / Barford, D. / Nakamura, Y. / Song, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1r5b.cif.gz | 96.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1r5b.ent.gz | 73.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1r5b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/1r5b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/1r5b | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52103.195 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 196-662 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) 遺伝子: SUP35, SPCC584.04 / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 star / 参照: UniProt: O74718 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.9 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: HEPES, Ethylene Glycol, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9787, 0.9724, 0.9791 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月12日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.35→20 Å / Num. all: 28714 / Num. obs: 24790 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 11.2 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.41 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.375 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2840 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.35→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 9.427 / SU ML: 0.209 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.348 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: Hydrogens have been added in the riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.37 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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