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万見
- PDB-1r4a: Crystal Structure of GTP-bound ADP-ribosylation Factor Like Prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r4a
タイトルCrystal Structure of GTP-bound ADP-ribosylation Factor Like Protein 1 (Arl1) and GRIP Domain of Golgin245 COMPLEX
要素
  • ADP-ribosylation factor-like protein 1
  • Golgi autoantigen, golgin subfamily A member 4
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Ras-like G Protein structure / Three-helix GRIP domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / activation of phospholipase D activity / toxin metabolic process / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / Golgi vesicle transport / Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / protein localization to Golgi apparatus / Golgi to plasma membrane protein transport / retrograde transport, endosome to Golgi / Golgi organization ...Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / activation of phospholipase D activity / toxin metabolic process / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / Golgi vesicle transport / Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / protein localization to Golgi apparatus / Golgi to plasma membrane protein transport / retrograde transport, endosome to Golgi / Golgi organization / enzyme activator activity / positive regulation of axon extension / vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / ゴルジ体 / small GTPase binding / GTPase binding / protein domain specific binding / ゴルジ体 / GTPase activity / GTP binding / ゴルジ体 / extracellular exosome / 核質 / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
GRIP domain / GRIP domain / GRIP domain / GRIP domain profile. / golgin-97, RanBP2alpha,Imh1p and p230/golgin-245 / small GTPase Arf family profile. / Annexin V; domain 1 / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / Small GTP-binding protein domain ...GRIP domain / GRIP domain / GRIP domain / GRIP domain profile. / golgin-97, RanBP2alpha,Imh1p and p230/golgin-245 / small GTPase Arf family profile. / Annexin V; domain 1 / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / ADP-ribosylation factor-like protein 1 / Golgin subfamily A member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wu, M. / Lu, L. / Hong, W. / Song, H.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Structural basis for recruitment of GRIP domain golgin-245 by small GTPase Arl1.
著者: Wu, M. / Lu, L. / Hong, W. / Song, H.
履歴
登録2003年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosylation factor-like protein 1
E: Golgi autoantigen, golgin subfamily A member 4
B: ADP-ribosylation factor-like protein 1
F: Golgi autoantigen, golgin subfamily A member 4
C: ADP-ribosylation factor-like protein 1
G: Golgi autoantigen, golgin subfamily A member 4
D: ADP-ribosylation factor-like protein 1
H: Golgi autoantigen, golgin subfamily A member 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,93016
ポリマ－99,7448
非ポリマー2,1868
水4,828268
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.083, 86.924, 86.246
Angle α, β, γ (deg.)118.11, 99.65, 95.47
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細Four molecules are generated by two 2-fold symmetry operations. / Tetramer is generated by two 2-fold symmetry operations.

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要素

#1: タンパク質
ADP-ribosylation factor-like protein 1 / Arl1


分子量: 18737.615 Da / 分子数: 4 / 断片: Arl1 (Residue 16-180) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: ARL1 / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 star / 参照: UniProt: P61212
#2: タンパク質
Golgi autoantigen, golgin subfamily A member 4 / Trans-Golgi p230 / 256 kDa golgin / Golgin-245 / 72.1 protein


分子量: 6198.274 Da / 分子数: 4 / 断片: GRIP Domain (Residue 2172-2222) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GOLGIN-245 / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 star / 参照: UniProt: Q13439
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / 5'-Guanylyl imidodiphosphate


分子量: 522.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG3350, potassium thiocyanate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
17.5 mg/mlprotein1drop
217-18 %(w/v)PEG33501reservoir
3200 mM1reservoirKSCN
420 mMTris-HCl1reservoirpH8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→99.9 Å / Num. all: 55269 / Num. obs: 55268 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.539 / Mean I/σ(I) obs: 1.88 / Rsym value: 0.479 / % possible all: 56.5
反射
*PLUS
最低解像度: 39 Å / % possible obs: 97.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KSG

1ksg


解像度: 2.3→20 Å / 交差検証法: free R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: The structure was refined also with CNS(BRUNGER)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2601 2137 5 %RANDOM
Rwork0.24626 ---
obs0.2508 42731 97.3 %-
all-55269 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6980 0 132 268 7380
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0227228
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.026712
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6821.9929772
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.502315600
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.4385856
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.21116
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.027700
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021428
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2340.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.39 Å / Total num. of bins used: 20 /
反射数%反射
obs42731 97.1 %
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.26 / Rfactor Rwork: 0.245
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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