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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1oyr | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the phosphorolytic exoribonuclease RNase PH from Bacillus subtilis | ||||||
要素 | Ribonuclease PH | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / tRNA processing | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tRNA nucleotidyltransferase / tRNA nucleotidyltransferase activity / rRNA 3'-end processing / rRNA catabolic process / tRNA processing / 3'-5'-RNA exonuclease activity / tRNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Harlow, L.S. / Kadziola, A. / Jensen, K.F. / Larsen, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2004 タイトル: Crystal structure of the phosphorolytic exoribonuclease RNase PH from Bacillus subtilis and implications for its quaternary structure and tRNA binding. 著者: Harlow, L.S. / Kadziola, A. / Jensen, K.F. / Larsen, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1oyr.cif.gz | 274.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1oyr.ent.gz | 226.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1oyr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/1oyr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/1oyr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26713.441 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: P28619, tRNA nucleotidyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.29 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→24.92 Å / Num. all: 40776 / Num. obs: 40776 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 25 Å / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.116 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 3.1 Å / 最低解像度: 3.15 Å / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.1 % / Num. unique obs: 2021 / Rmerge(I) obs: 0.372 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3.1→24.92 Å / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→24.92 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 25 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.2889 / Rfactor Rwork: 0.278 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |